答案是:此图是测序reads的可视化,利用reads和参考基因组比对之后的结果,用来展示目标基因上的转录因子结合/组蛋白修饰/染色质开放性的。" 鉴定转录因子在基因组上结合常用的技术手段是ChIP-seq/DAP-seq,检测组蛋白修饰的全基因组分布用ChIP-seq/CUT&Tag,而对染色质可及性的检测则用ATAC-seq。ChIP-seq/DAP-seq/...
此外,Cicero包提供了一个扩展工具包,用于使用Monocle 3提供的框架分析单细胞ATAC-seq实验。概述了使用Cicero的单细胞ATAC-Seq分析工作流程。 Cicero可以执行两种主要类型的分析: 构建和分析顺式调节网络。Cicero通过分析共可及性来确定假定的顺式调控相互作用,并使用各种技术来可视化和分析; 一般单细胞染色质可及性分析。
1、ATAC-seq+RNA-seq: 一般,RNA-seq会优先于ATAC-seq先测,得到表达差异基因后,可以通过ATAC-seq来做motif分析,寻找是谁调控了目的基因,然后再进行后续的实验验证。 另一个思路是,看ATAC-seq测到的染色质开放DNA区域,对应的转录本表达量是否也有增加,这样...
答案是:此图是测序reads的可视化,利用reads和参考基因组比对之后的结果,用来展示目标基因上的转录因子结合/组蛋白修饰/染色质开放性的。 " 鉴定转录因子在基因组上结合常用的技术手段是ChIP-seq/DAP-seq,检测组蛋白修饰的全基因组分布用ChIP-seq/CUT&Tag,而对染色质可及性的检测则用ATAC-seq。ChIP-seq/DAP-seq/...
低温胁迫下ATAC-seq结果概述 ATAC-seq是一种获得大量高重复性acrs(可接近染色质区域)reads的有效方法。在此次测序结果中,CK和LT组生物学重复理想,将在三个重复中均鉴定到的转座酶高度敏感(THS)区域用于进一步分析。CK样本中997个重复的THSs,LT样本中633个,共有226个。两组样本共有的THSs分布模式相似,主要分布在...
ATAC数据可视化 一、bam to peak 假设我们已经得到了bam文件,接下来首先使用MACS2计算的peak,代码非常简单,如下: macs2 callpeak -t bamfile1 bamfile2... -n output_file -g mm -f BAM --nomodel --shift -100 --extsize 200 二、Make Atlas ...
ATAC-seq分析:比对后处理(4) 1. 结果处理 现在我们已经处理了 Greenleaf ATACseq 双端数据,我们可以开始处理比对。 首先,我们将确定 ATACseq 数据的预期片段长度分布。我们使用 GenomicAlignments 包读取新对齐的数据。 这里我们只想要正确配对的读取,因此我们将使用 ScanBamParam() 和 scanBamFlag() 函数来控制将...
ATAC-seq分析的第一步是预分析,主要包括三个部分:1. 测序原始数据质控;2. 序列比对(Mapping);3. 比对后处理和质控。 01 测序原始数据质控 对ATAC-seq的测序原始数据质控和序列比对的流程与其它二代测序数据标准分析流程基本相同,比如可以选择FastQC软件来可视化碱基...
此外,Cicero包提供了一个扩展工具包,用于使用Monocle 3提供的框架分析单细胞ATAC-seq实验。概述了使用Cicero的单细胞ATAC-Seq分析工作流程。 Cicero可以执行两种主要类型的分析: 构建和分析顺式调节网络。Cicero通过分析共可及性来确定假定的顺式调控相互作用,并使用各种技术来可视化和分析; ...
ATAC-seq分析:比对后处理(4) 1. 结果处理 现在我们已经处理了 Greenleaf ATACseq 双端数据,我们可以开始处理比对。 首先,我们将确定 ATACseq 数据的预期片段长度分布。我们使用 GenomicAlignments 包读取新对齐的数据。 这里我们只想要正确配对的读取,因此我们将使用 ScanBamParam() 和 scanBamFlag() 函数来控制将...