ATAC-seq建库原理如下图所示: 前期准备: #conda create -n atac python=2 创建环境 #conda activate atac 激活环境 #conda install bedtools deeptools macs2 bowtie bowtie2 samtools 分析流程: 1. 质控 采用FASTQC查看测序数据质量 #fastqc -o FASTQC/ -t 8 Control_R1.fastq.gz Control_R2.fastq.gz ...
我们可以绘制结果来可视化结果,并选择一个好的截断线. fdr.cut.off <- 0.01 diff.cut.off <- 2 TCGAbiolinks:::TCGAVisualize_volcano(x = result$ESCC_minus_ESAD, y = result$FDR, title = paste0("Volcano plot - ATAC-seq peaks ", "difference in ", "ESCC vs ESAD\n"), filename = NULL,...
第五讲——ATAC-seq和CUT&Tag原理与分析, 视频播放量 3723、弹幕量 3、点赞数 35、投硬币枚数 27、收藏人数 179、转发人数 34, 视频作者 菲沙基因, 作者简介 以生物信息学助推生命科学的研究,以基因组医学促进人类健康的发展;,相关视频:第三讲——ATAC-Seq原理与分析,
ATAC-seq和CUT&Tag联合分析,可以对ATAC-seq得到的一些转录因子结合区进行验证。从ATAC-seq我们可以了解到染色质的可接近性的动态变化,由于由于染色质的可及性与调控元件或转录因子的结合密切相关,在转录调控中发挥着重要的作用。CUT&Tag整合分析可以进一步探究调控某一生物学过程的关键因子(包括顺式调控元件和转录因子)...
本次报告围绕以下内容展开:1.ATAC-seq技术简介2.ATAC-seq数据分析讲解3.ATAC-seq与RNA-seq联合应用案例分享技术咨询请加微信号:wt119666, 视频播放量 5707、弹幕量 9、点赞数 62、投硬币枚数 30、收藏人数 321、转发人数 91, 视频作者 臻阅生物, 作者简介 表观基因组领跑
通过创建一个 bigWig 文件,我们可以大大加快在基因组浏览器中查看 ATACseq 信号堆积的速度。此时可以对总映射读取进行额外的标准化。 openRegionRPMBigWig<-gsub("\\.bam","_openRegionRPM\\.bw",sortedBAM)myCoverage<-coverage(atacFragments,weight=(10^6/length(atacFragments)))export.bw(myCoverage,openReg...
在进行ATAC-seq实验时，Tn5分子结合到DNA上，两个分子之间相隔9bp，每个Tn5同源二聚体结合事件会产生两个插入，中间相隔9bp，真实“开放”位置的中心位于Tn5二聚体的正中间。为还原实际情况，会对Tn5的插入结果进行校正，即正链往右移动4bp，负链往左偏移5bp。在ArchR中，“fragment”和“insertions”指...
1. 简介 ATACseq (Assay for Transposase-Accessible Chromatin using sequencing) 使用转座酶在测序前有效...
9. 结果探索 在ATACseq 中,我们将要检查映射读取跨染色体的分布。我们可以使用 idxstatsBam() 函数检查每条染色体上映射读取的数量。已知 ATACseq 在线粒体染色体上具有高信号,因此我们可以在此处进行检查。 library(Rsamtools)mappedReads<-idxstatsBam(sortedBAM) ...
首先,通过scRNA-seq(图2A)和scATAC-seq(图2B)分别鉴定了不同的细胞亚群:记忆B细胞(MBC),浆细胞(PC)和前体浆细胞/浆细胞母细胞(prePB/PB)。接着对scRNA-seq和scATAC-seq数据进行了整合分析,结果显示两组学数据集在MBC和PC阶段具有的良好的重叠(图2CD)。而来自ATAC-seq数据集的近一半的prePB未被预测为prePB...