-c –contaminants:污染物选项,输入的是一个文件,格式是 Name [Tab] Sequence,里面是可能的污染序列,如果有这个选项,FastQC 会在计算时候评估污染的情况,并在统计的时候进行分析,一般用不到 -a –adapters:也是输入一个文件,文件的格式 Name [Tab] Sequence,储存的是测序的 adpater 序列信息,如果不输入,目前版本...
从GDC下载ATAC-seq癌症特异性高峰并导入R.之后,进行食管腺癌(ESAD)与食管鳞状细胞癌(ESCC)的分析,并将结果可视化为火山图和热图。 1.3目标和目的 下载并理解ATAC-seq数据 比较两组不同的样本ATAC-seq数据 3 导入R包 # to read txt files library(readr) # to transform data into GenomicRanges library(GenomicR...
ii. NFR的片段应该在基因的转录起始位点(TSS)周围富集,而核小体结合区域的片段应该在TSS处被形成低谷,TSS周围的侧翼区域会稍微富集。 iii. 最后,对于正链和负链,read应分别偏移 +4 bp和 -5 bp,以便实现TF足迹和基序的碱基对解析相关分析,因为Tn5转座酶对缺口进行DNA修复产生了9 bp重复。大多数上述质量控制和分...
DiffBind通过可以通过bam文件和peak的bed文件计算出peak区域标准化的readcount,可以选择edgeR、DESeq2等模型进行差异分析。 七、峰注释 在科研分析中我们往往需要将peak区域与基因联系起来,也就是通过对peak进行注释找到peak相关基因。常见的peak注释软件有ChIPseeker、homer、PeakAnnotator等。以ChIPseeker为例,需要在R中安装...
ATACseq 分析流程如下图所示。质控、比对、peak calling 是必须的上游分析,Motif 等下游分析是个性化的。 流程示意图 准备工作 下载参考基因组、建立索引、移除不需要区域等。参考基因组在 GENCODE 下载。 一般用 bowtie2 比对,建立 bowtie2 索引。 bowtie2-build -f GRCh38.primary_assembly.genome.fa GRCh38...
**NOTE** 现阶段很多的ATAC-seq分析是都是使用的Chip-seq或者DNase-seq的分析流程;因为他们的数据特点很相似 3.2 ATAC-seq具体分析流程 还没有写完 4.相关名词 4.1NFR(nucleosome-free regions,无核小体区域) nucleosome-free regions:NFR Nucleosome-free regions (NFRs) at the 5' and 3' ends of genes ...
ATAC-seq分析的第一步是预分析,主要包括三个部分:1. 测序原始数据质控;2. 序列比对(Mapping);3. 比对后处理和质控。 01 测序原始数据质控 对ATAC-seq的测序原始数据质控和序列比对的流程与其它二代测序数据标准分析流程基本相同,比如可以选择FastQC软件来可视化碱基...
ATAC-seq 实验流程 一般来说包括以下几个步骤: 细胞核制备 片段化及 DNA 提取 PCR 扩增 文库纯化 高通量测序 数据分析 ATAC-seq 技术的优势 所需细胞量较低,而且信噪比高、特异性强、耗时短 满足动物、植物、人等样本的要求,具有很好的物种适应性
图2.mtscATAC-seq分析流程示意图 mtscATAC-seq可以从来自复杂细胞或组织的单个细胞中分析全基因组染色质的可及性,并且可以以扩展的方式同时与线粒体基因型一起分析,也能够通过增强或修改mtscATAC-seq实验流程来探索其它实验模式,包括在ATAC中通过测序进行选择抗原分析、基于噬菌体的单细胞多模态测序(PHAGE-ATAC)或D...
分析流程: 1. 质控 采用FASTQC查看测序数据质量 #fastqc -o FASTQC/ -t 8 Control_R1.fastq.gz Control_R2.fastq.gz Treated_R1.fastq.gz Treated _R2.fastq.gz #multiqc ./ 2. 过滤 采用Cutadapt对测序文件进行过滤,目的包括:去除测序引物及接头、去除reads两端低质量碱基、去除N碱基过多的reads、去除截短...