brain <- NucleosomeSignal(object = brain) 我们可以分析所有细胞的DNA片段长度的周期性变化,并根据细胞核小体信号的强弱进行分类。观察结果表明,那些在单核小体与无核小体比例上表现异常的细胞,呈现出与其他细胞不同的条带图谱。而其他细胞则显示出了一次成功的ATAC-seq实验所特有的典型模式。 brain$nucleosome_gro...
二、实验流程(一)文库制备 10x scATAC-seq基于GemCode微流体平台,首先利用转座酶混合液孵育细胞核悬液,转座酶进入细胞核,优先在切割开放染色质区域使DNA片段化,并在DNA片段的末端添加测序引物;其次,带有标签(Barcode)的凝胶珠(GelBeads)和单个细胞核包裹在油滴中,形成GEMs;随后凝胶珠溶解,细胞核裂解释放DNA片段,并...
该工具还具有新颖的分析功能,可将开放的染色质信息作为二进制数据进行处理,并在保持数据的二进制特性的同时校正批次效应。这使得Scasat在分析单细胞ATAC-seq数据方面优于其他工具。 Scasat还成功应用于公开可用的数据集,显示其用于处理和分析使用不同协议和...
在基底细胞癌中,single cell ATAC-seq 的应用揭示了肿瘤微环境中恶性细胞、基质细胞和免疫细胞的调控网络。对程序性细胞死亡前后的一系列肿瘤活检的 single cell ATAC-seq 谱进行分析,发现治疗反应性 T 细胞亚群的染色质调节因子,并揭示了控制肿瘤内 CD8+ T 细胞衰竭和 CD4+ T 滤泡辅助细胞发育的共同调控程序。作...
方法/步骤 1 10x单细胞ATAC-seq实验流程首先，将转座酶加入制备好的单细胞核悬液进行反应。随后，利用8通道的微流体双十字交叉系统将含Barcode的Gel Beads、细胞核和酶的混合物、油三者结合形成GEMs。在GEMs中，凝胶珠溶解释放大量barcode序列，DNA延伸带上barcode序列，并进行线性扩增。最后，进行illumina的文库构建。2...
图2无菌动物T细胞中Treg修复特征的单细胞ATAC分析 3. 人类CD4+T细胞的单细胞ATAC图谱识别组织Treg细胞 为了确认小鼠的修复Treg程序是否在人类Treg细胞中也存在,是否可以在两种物种之间直接比较。作者从人类血液、皮肤和脂肪组织中分选的CD4+T细胞或CD4+CD25+CD127-Treg细胞进行scATAC-seq。获得了超过75,000个细胞的scATAC...
ATAC-seq,利用Tn5转座酶,切割DNA的时候同时加入接头,再PCR扩增即可测序 ATAC-seq(Assay for Transposase Accessible Chromatin with high-throughput sequencing),即利用Tn5转座酶,切割DNA的时候同时加入接头,再PCR扩增即可测序。 相比于ChIP-seq,ATAC-seq实验一次就可以获得某个特定时空条件下所有的开放染色质区域...
cellranger-atac软件是用于处理10x Genomics平台Chromium Single Cell ATAC-seq测序数据的分析流程。该软件主要包括以下四个分析流程: cellranger-atac mkfastq: 该子程序主要将Illumina测序仪产生的原始raw base call (BCL)测序文件转换为FASTQ文件,该命令中封装着bcl2fastq程序。
选择何种文件取决于上游处理流程，例如10XGenomics的CellRanger软件输出的是fragment文件，而sci-ATAC-seq流程则输出BAM文件。ArchR提供了读取这两种文件的函数，采用分块处理方法高效读取大文件，同时避免内存消耗过多。在进行ArchR分析前，需要进行一些准备工作，包括设置工作目录、使用线程数、加载基因和基因组...
1技术简介10x 单细胞ATAC-seq基于GemCode微流体平台,利用转座酶混合液孵育细胞核悬液,转座酶进入细胞核,优先在切割开放染色质区域使DNA片段化,并在DNA片段的末端添加测序引物;然后,带有标签的凝胶珠和单个细胞核包裹在油滴中,形成GEMs;随后凝胶珠溶解,细胞核裂解释