done cellranger-atac count # 单个样本cellranger-atac count--id=$sample\--localcores=40\--reference=/home/txm/genome/cellranger_atac/refdata-cellranger-arc-GRCh38-2020-A-2.0.0\--fastqs=/home/txm/project/GBM/data/elife_GBM_ATAC/ATAC_raw/fastq/$sample\--sample=$sample# 所有样本循环for...
在分析时,我们需要将混合的测序数据进行拆库demultiplex分成多个不同样本的数据集,分别使用cellranger-atac count子程序对每个样本单独进行分析,然后可以使用cellranger-atac aggr子程序将多个样本进行整合分析。 image.png Cell Ranger ATAC 软件的下载与安装 System Requirements 系统需求 Hardware 硬件需求 Cell Ranger AT...
该研究建立了名为SCATE的模型,从以下三个方面解决单细胞ATAC-seq数据处理中的问题:(1)综合考虑顺式调控元件和细胞的相似性,合并同类顺式调控元件和细胞,在提升信噪比的同时保持对顺式调控元件在细胞间和细胞内的特异性进行检测的能力。(2...
该研究建立了名为SCATE的模型,从以下三个方面解决单细胞ATAC-seq数据处理中的问题:(1)综合考虑顺式调控元件和细胞的相似性,合并同类顺式调控元件和细胞,在提升信噪比的同时保持对顺式调控元件在细胞间和细胞内的特异性进行检测的能力。(2)充分利用公共的大量细胞染色质可及性数据,获取人和小鼠细胞内的顺式调控元件...
Generating FASTQs with cellranger-atac mkfastq Overview cellranger-atac软件提供了cellranger-atac mkfastq子程序,可以将Illumina测序仪产生的原始base call files(BCLs)下机数据转换为FASTQ格式的测序文件。该子程序是bcl2fastq软件的封装,提供了以下功能: ...