他们发现将这些单细胞数据合并分析后得到的结果与用DNase-seq或者ATAC-seq从大约107个细胞中或者104个细胞中得到的可接近性图谱具有很高的相关性(图4)[10],单细胞的数据再现了一些群体细胞ATAC-seq数据反映出的染色质特征。 图4 GM12878 单细胞ATAC-seq数据合并分析后的结果与群体细胞DNase-seq和 ATACseq得到的数据...
利用UMAP降维,将拟南芥根不单核核单细胞数据分成21个20个不同的簇(Fig 1b是单核核单细胞合并后的数据,Fig S2中橙色为单细胞,蓝色为单核),cluster14是单核中特有的。 Fig 1c Fig 1c展示了21个cluster的重叠分布,其中cluster4和11在单细胞核中更丰富,cluster14只存在单细胞核中,其他簇在单细胞中更丰富。
单核细胞在自身免疫病和肿瘤等疾病中发挥重要的作用。ATAC-seq技术是近年来较为热门的用于研究染色质开放性的表观遗传学技术,ATAC-seq技术利用经改造的超敏Tn5转座酶容易接近并切割开放染色质的特性, 结合高通量测序技术即可获得染色质上开放区域的位置和DNA序列信息。本研究运用ATAC-seq等技术鉴定Ⅰ型干扰素信号通路活...
snRNA-seq共获得40530个核转录组,平均每个核1335个基因;scATAC-seq共检测到18213个核的开放染色质,平均每个核24333个片段(n=7);空间转录组平均每个样本包含3874.5个spot,每个spot包含1813个基因。进一步对scRNA-Seq进行细胞类型注释共鉴定到10种主要的细胞类型和几个亚群(总共n=24个簇),而scATAC-seq能够鉴定到在...
洁美生物-提供单细胞组与空间组-单细胞全长转录组(10x)-单细胞转录组(10x )-单细胞核转-录组-单细胞免疫组库-单细胞ATAC-seq&GEX-空间转录组---基因组-De novo三代测序-泛基因组-Hi-C辅助基因组组装-基因组Survey测序---群体遗传-个体重测序-遗传图谱-BSA-GWAS-遗传进化---微生物组-全长微生物多样性...