此外,Cicero包提供了一个扩展工具包,用于使用Monocle 3提供的框架分析单细胞ATAC-seq实验。概述了使用Cicero的单细胞ATAC-Seq分析工作流程。 Cicero可以执行两种主要类型的分析: 构建和分析顺式调节网络。Cicero通过分析共可及性来确定假定的顺式调控相互作用,并使用各种技术来可视化和分析; 一般单细胞染色质可及性分析。
单细胞转录组测序(scRNA-seq)是在单细胞水平上研究基因表达差异的技术,为细胞异质性研究提供了有力手段。而单细胞ATAC测序(scATAC-seq)是利用转座酶在单细胞水平上研究染色质开放性的技术,可以提供高分辨率的单细胞染色质开放图谱,有助于深入研究细胞异质性的表观遗传调控机理。它们的研究对象一个是mRNA,一个是染色...
针对单细胞ATAC-seq数据中的“dropout”问题,scAGDE通过引入基于伯努利分布的解码器,有效恢复缺失的染色质开放区域信号,并减少噪声,从而提升下游分析效果。与现有的SCALE、PeakVI和SAILER方法相比,scAGDE在峰值恢复和一致性方面表现出色,平均相...
SCENIC全称Single-Cell rEgulatory Network Inference and Clustering,即单细胞调控网络与聚类,常用于转录因子分析,主要利用单细胞转录组测序数据来构建gene regulatory network (GRN)基因调控网络。其算法如上图,主要包括下面三个部分: (a)根据用户输入的转录因子列表,通过单细胞表达矩阵,推断物种的哪些基因与提供的转录因...
目前,单细胞ATAC-seq分析工具Scasat在细胞分类中的表现出积极的作用。Scasat是一个用简单的步骤处理scATAC-seq数据的完整管道。它将数据视为二进制,并应用特别适用于二进制数据的统计方法。该管道是在Jupyter笔记本环境中开发的,该环境包含可执行代码以及必要的描述和结果。 一.完整的Scasat工作流程 下图描述了完整的...
Cicero是一个R包,提供了分析单细胞染色质可及性实验的工具。Cicero的主要功能是利用单细胞染色质可及性数据,通过检测共可及性,预测基因组中顺式调控原件的相互作用(如增强子和启动子之间的作用)。此外,Cicero扩展了Monocle3,允许使用染色质...
现在其实已经有一些工具能够处理单细胞ATAC-seq数据,我们为什么要额外造一个轮子,开发一个新的项目呢?主要是ArchR提供了其他工具目前尚不能实现的功能 工具对比 不仅如此,ArchR通过优化数据结构降低了内存消耗,使用并行提高了运行速度,因此保证其性能优于其他同类型工具。在超过70,000个细胞的分析项目中,一些软件需要超过...
深入探讨单细胞ATAC-seq数据分析，掌握这些分析技术，将助力您在科研道路上更进一步，创新样本将成为文章的亮点。Cicero是一个R包，专门用于处理单细胞染色质可及性数据，通过检测共可及性预测基因组中的顺式调控相互作用，包括增强子与启动子之间的相互作用。Cicero与Monocle 3协同工作，提供了更完善的聚类...
ArchR主要接受scATAC-seq原始数据的两种常见输出格式：BAM文件和fragment文件。BAM文件是二进制格式下的排序文件，记录了片段、原始数据和细胞条形码等信息。fragment文件记录了片段以及对应的细胞ID。选择何种文件取决于上游处理流程，例如10XGenomics的CellRanger软件输出的是fragment文件，而sci-ATAC-seq流程则输...
SCALE全称是Single-Cell ATAC-seq analysis vie Latent feature Extraction, 从名字中就能知道这个软件是通过隐特征提取的方式分析单细胞ATAC-seq数据。 在文章中,作者从开发者的角度列出了目前的scATAC-seq分析软件,chromVAR, scABC, cisTopic, scVI,发现每个软件都有一定的不足之处,而从我们软件使用者的角度,其实可...