单细胞ATAC-seq(Assay for Transposase accessible chromatin with high-throughput sequencing)通过将单个细胞分离并利用DNA转座酶进行转座反应,然后对其进行测序,从而获得单个细胞的染色质开放区域的信息。这种方法可以解决细胞异质性问题,揭示不同细胞之间的染色质可及性差异和功能差异。 技术原理 单细胞ATAC-seq 技术原理...
单细胞转录组测序(scRNA-seq)是在单细胞水平上研究基因表达差异的技术,为细胞异质性研究提供了有力手段。而单细胞ATAC测序(scATAC-seq)是利用转座酶在单细胞水平上研究染色质开放性的技术,可以提供高分辨率的单细胞染色质开放图谱,有助于深入研究细胞异质性的表观遗传调控机理。它们的研究对象一个是mRNA,一个是染色...
单细胞ATAC测序(Assay for Transposase-Accessible Chromatin using sequencing,ATAC-seq)作为一把的“分子钥匙”,正逐步揭示细胞内部那深不可测的基因调控网络。LabEx可提供 scRNA-seq/scATAC-seq服务,对同一细胞进行全基因组表观基因组分析和转录组联合分析。 一、单细胞ATAC测序是什么? 单细胞ATAC测序,我们首先要理解...
ATAC-seq(Assay for Transposase Accessible Chromatin with high-throughput sequencing,染色质易开放区域测序)利用 Tn5 转座酶切割染色质的开放区域,并加上测序引物进行高通量测序,通过生物信息分析鉴定转录因子结合位点和核小体区域位置,从而为研究基因调控、DNA 印记等提供有效的方法。 ATAC-seq 示意图 更多内容:https...
单细胞染色质可及性测序(scATAC-seq)技术能揭示基因调控和表观遗传异质性的单细胞分辨率细节,但由于数据的高维性和极端稀疏性,通过scATAC-seq进行细胞标注仍然具有挑战性。现有的细胞标注方法主要关注细胞峰值矩阵,并没有充分利用基因组序列。作者提出了一种名为SANGO的方法,通过整合scATAC数据中可达性峰周围的基因组...
在单细胞ATAC-seq实验中,首先需要在细胞核悬液中加入Tn5转座酶进行孵育,形成片段化DNA后再进入“T字”形微流体系统,与带有Barcode的凝胶微珠、细胞核和酶的混合物形成油包水结构(GEM),Gel beads上接有大量带有Barcodes(用以区分不同细胞核)的捕获序列,随后Gel beads溶解,细胞核破裂,片段化DNA同Barcodes序列连接...
一种基于纳米孔测序平台的转座酶可及性染色质单细胞测定方法(scNanoATAC-seq)——该方法是一种基于微板的scATAC-seq方法,可以与TGS测序平台相兼容。 研究意义 scNanoATAC-seq是一种基于TGS平台的长读单细胞ATAC测序方法,可应用于各种生物...
1. sci-ATAC-Seq sci-ATAC-Seq是先后用多个具有编码功能的Plate来标记核质所属的细胞ID,过程如下:首先,把裂解后的细胞核质均匀分配到第一个Plate(包含96个Well)中,每个Well拥有一个唯一的Barcode,用来标记这个Well下的转座酶。也就是说,一个Well下所有的转座酶具有同样的Barcode。然而,96个Barcode显然不能标记上...
此外,与近年来被广泛应用的单细胞测序技术相结合,单细胞ATAC-seq(scATAC-seq)可以用来描绘单细胞(single cell)或单细胞核(single nucleus)尺度上的染色质开放区域,一次性获得上万个细胞的染色质开放区域图谱。由于scATAC-seq数据在单细胞...
1月12日,南通大学生殖医学研究院孙斐教授及其团队在《Human Molecular Genetics》期刊发表了人类精子发生过程中的单细胞ATAC测序最新进展,题为:Single cell ATAC-Seq reveals cell type-specific transcriptional regulation and unique chromatin accessibility in human spermatogenesis。