单细胞ATAC测序（Assay for Transposase-Accessible Chromatin using sequencing，ATAC-seq）作为一把的“分子钥匙”，正逐步揭示细胞内部那深不可测的基因调控网络。LabEx可提供 scRNA-seq/scATAC-seq服务，对同一细胞进行全基因组表观基因组分析和转录组联合分析。一、单细胞ATAC测序是什么？单细胞ATAC测序，我们首先要...
单细胞ATAC-seq技术,顾名思义就是在单细胞水平上的ATAC-seq技术,它兼具单细胞技术的高分辨率及ATAC-seq的优势,是目前研究基因表观组学的热门技术。ATAC-seq的全称是Assay for transposase-accessible chromatin with high-throughput sequencing,是基于高通量测序对开放性染色质(open chromatin)进行研究的技术。 1 开放...
单细胞转录组测序(scRNA-seq)是在单细胞水平上研究基因表达差异的技术,为细胞异质性研究提供了有力手段。而单细胞ATAC测序(scATAC-seq)是利用转座酶在单细胞水平上研究染色质开放性的技术,可以提供高分辨率的单细胞染色质开放图谱,有助于深入研究细胞异质性的表观遗传调控机理。它们的研究对象一个是mRNA,一个是染色...
使用单细胞核测序(scRNA-seq)、转座酶染色质可及性单核测序(snATAC-seq)、空间转录组测序(ST-seq)以及使用了一种叫CODEX的成像技术,绘制出了不同肠道区域的细胞组成、基因调控信息和空间分布图谱,还揭示了不同细胞之间和多细胞之间的相互作用,以及免疫细胞在肠道组织中的不同免疫微环境。
单细胞ATAC测序(Assay for Transposase-Accessible Chromatin using sequencing,ATAC-seq)作为一把的“分子钥匙”,正逐步揭示细胞内部那深不可测的基因调控网络。LabEx可提供 scRNA-seq/scATAC-seq服务,对同一细胞进行全基因组表观基因组分析和转录组联合分析。 一、单细胞ATAC测序是什么? 单细胞ATAC测序,我们首先要理解...
单细胞ATAC-seq(Assay for Transposase accessible chromatin with high-throughput sequencing)通过将单个细胞分离并利用DNA转座酶进行转座反应,然后对其进行测序,从而获得单个细胞的染色质开放区域的信息。这种方法可以解决细胞异质性问题,揭示不同细胞之间的染色质可及性差异和功能差异。
ATAC-Seq技术核心便是孵育连接测序接头的Tn5转座酶。在ATAC-Seq实验中,首先提取细胞核与连有接头的Tn5转座酶进行孵育,这时Tn5转座酶便会特异结合到染色质的开放区域,对开放区域进行切割打断的同时插入测序接头,而螺旋缠绕的部分不会受到转座酶的影响。把这些被切割打断后的DNA收集在一起进行文库构建、测序就可以得到...
10x单细胞ATAC测序具有通量高、捕获效率高、线粒体序列污染低等优势,它的原理和我们熟知的10x单细胞转录组测序相似,都利用了微流体系统和凝胶微珠(Gel Beads)来对单个细胞的遗传物质进行捕获。在单细胞ATAC-seq实验中,首先需要在细胞核悬液中加入Tn5转座酶进行孵育,形成片段化DNA后再进入“T字”形微流体系统,与带...
ATAC-seq(Assay for Transposase Accessible Chromatin with high-throughput sequencing),即利用Tn5转座酶,切割DNA的时候同时加入接头,再PCR扩增即可测序。 相比于ChIP-seq,ATAC-seq实验一次就可以获得某个特定时空条件下所有的开放染色质区域。而相比于DNase-seq、MNase-seq和FAIRE-seq,ATAC-seq单细胞样品需求量...
目前，对单个细胞内开放染色质区域进行检测的一种成熟方法是：通过下一代测序（NGS）平台，使用测序技术对转座酶可及性染色质（transposase-accessible chromatin）进行单细胞测定（即scATAC-seq）。然而，这种方法依然面临着挑战：对于来自scATAC-seq的数据，若要进行单倍型定相（haplotype phasing）或探测其中的大规模结构...