对ACT联合Fc-IL-4或PBS对照治疗B16F10肿瘤的肿瘤抗原特异性Thy1.1+CD8+ TILs进行了scRNA-seq,通过无监督分群将细胞分为6个cluster(图1g)。其中cluster0、2、4和5中,Fc-IL-4组的细胞比例明显高于PBS组,这些亚群高表达共抑制标志物,包括Pdcd1、Ctla4、Lag3、Nr4a2,表明它们具有瘤内TTE细胞特征(图1h)。相比之...
为进一步探究NBPF1如何调控海马发育,研究者进行ATAC-Seq分析,并对小鼠颗粒细胞进行单细胞定量RT-PCR,结果一致发现NBPF1通过LHX2调节海马发育的分子机制。 图4胚胎发育中海马表达的特异性基因 综上所述,本研究系统地分析了胚胎发育中海马体的scRNA-seq和ATAC-seq数据,详细的阐述了人类海马在发育中的细胞多样性、动态...
2.MPALs造血系统的多组学映射可识别健康和白血病程序 这一部分作者对来自MPALs患者的6个样本进行CITE-seq和scATAC-seq。将MPALs患者的单细胞数据映射到上述健康样本的单细胞图谱中(图2a),发现两者之间具有广泛的表观遗传和基因表达多样性,且scRNA-seq和scATAC-seq分类之间具有高度的一致性(图2b)。作者通过差异基因和...
单核RNA-seq(snRNA-seq)和转座酶可及染色质测序的单核数据分析(snATAC-seq)揭示了细胞类型的分类,但这些簇也可能与基因型有关。尽管受到单细胞覆盖稀疏性的限制,snATAC-seq的读取与snRNA-seq的读取相比在整个基因组中分布更均匀,这表明snATAC-seq可能更适合于检测全基因组的sSNVs。在297个sSNV位点,5.6%的snRNA...
单细胞多组学 ATAC + 基因表达的流程。通过在简化的流程中综合基因表达和 ATAC-seq 的数据,获得转录图谱和染色质景观图谱的一体化视图。 在详细了解工作流程以及如何实现此技术之后,我们进一步了解了他们对使用多组学来解决生物学问题有何看法。 在开发 Chromium 单细胞多组学 ATAC + 基因表达时,您试图解决哪些研究问...
为了解释Fc-IL-4诱导糖酵解升高的分子机制,作者接下来对离体诱导的CD8+TTE细胞进行了单细胞染色质可及性(scATAC)和scRNA-seq分析(图4i)。scATAC和scRNA数据联合分析显示IL-4处理和PBS处理两种情况下CD8+TTE细胞具有的不同分子谱,表明IL-4对这种特定细胞类型具有内在的调节作用(图4j)。使用ATAC数据进行了差异基序...
作者采用正常样本的骨髓和外周血单个核细胞分别进行CITE-seq和scATAC-seq,构建了正常造血功能的骨髓和外周血单个核细胞的免疫表型、转录组和表观遗传图谱(图1a)。通过marker基因分别对scRNA-seq和scATAC-seq数据进行细胞类型鉴定(图1b-c),并通过细胞表面蛋白标记和转录因子的富集情况等证实了细胞分类结果(图1d-g)。
单细胞RNA测序(scRNA-seq)方法已被用于分析细胞发育过程中的转录变化,但它们不足以用于谱系追踪,使得整体的发育谱系模式仍在很大程度上未被探索。本研究以人类细胞发育为对象,研究个身体的发育祖细胞和细胞克隆组成,作者描述了体细胞单核苷酸变体(sSNV),并认为它们适合作为谱系标记,因为它们随着每个细胞分裂而积累,并且...
单细胞RNA测序(scRNA-seq)方法已被用于分析细胞发育过程中的转录变化,但它们不足以用于谱系追踪,使得整体的发育谱系模式仍在很大程度上未被探索。本研究以人类细胞发育为对象,研究个身体的发育祖细胞和细胞克隆组成,作者描述了体细胞单核苷酸变体(sSNV),并认为它们适合作为谱系标记,因为它们随着每个细胞分裂而积累,并且...
单细胞RNA测序(scRNA-seq)方法已被用于分析细胞发育过程中的转录变化,但它们不足以用于谱系追踪,使得整体的发育谱系模式仍在很大程度上未被探索。本研究以人类细胞发育为对象,研究个身体的发育祖细胞和细胞克隆组成,作者描述了体细胞单核苷酸变体(sSNV),并认为它们适合作为谱系标记,因为它们随着每个细胞分裂而积累,并且...