单细胞ATAC-seq是研究表观遗传学调控的利器,该技术经常被应用于疾病发生、细胞发育等方面。 Darren A C等人利用单细胞ATAC-seq技术绘制了雄性小鼠13个组织的染色质可及性图谱,发现了85类染色质可及性及约40万个潜在的调节元件,为了解哺乳动物的染色质可及性打下了基础。 首先根据单细胞的染色质可及性的异同将所...
10X单细胞ATAC-seq基于GemCode微流体平台,经组织→单细胞悬浮液→单细胞核悬浮液制备几步之后,①利用转座酶混合液孵育细胞核悬液,转座酶进入细胞核,优先在切割开放染色质区域使DNA片段化,并在DNA片段的末端添加测序引物;②带有标签(Barcode)的凝胶珠(GelBeads)和单个细胞核包裹在油滴中,形成GEMs;③随后凝胶珠溶解,...
药物筛选和基因调控网络研究:研究药物对细胞染色质可及性的影响,从而发现新的治疗靶点和药物。 我们的优势 1.更先进的平台选择-拥有高捕获效率的10X Genomics和国产单细胞捕获平台 2.更丰富的技术实力和经验-具有针对不同样本类型的单细胞悬液制备等样品处理方面的经验 3.更成熟的数据分析和解读能力-具备优秀的生物...
单细胞转录组测序(scRNA-seq)是在单细胞水平上研究基因表达差异的技术,为细胞异质性研究提供了有力手段。而单细胞ATAC测序(scATAC-seq)是利用转座酶在单细胞水平上研究染色质开放性的技术,可以提供高分辨率的单细胞染色质开放图谱,有助于深入研究细胞异质性的表观遗传调控机理。它们的研究对象一个是mRNA,一个是染色...
目前,单细胞ATAC-seq分析工具Scasat在细胞分类中的表现出积极的作用。Scasat是一个用简单的步骤处理scATAC-seq数据的完整管道。它将数据视为二进制,并应用特别适用于二进制数据的统计方法。该管道是在Jupyter笔记本环境中开发的,该环境包含可执行代码以及必要的描述和结果。 一.完整的Scasat工作流程 下图描述了完整的...
SCALE全称是Single-Cell ATAC-seq analysis vie Latent feature Extraction, 从名字中就能知道这个软件是通过隐特征提取的方式分析单细胞ATAC-seq数据。
ATAC-seq文库的构建包括细胞核制备、转位和扩增三个步骤。首先，将待检查的组织或细胞悬置为完整的、均匀的单细胞，随后在裂解缓冲液中培养产生粗核（图3A）。其次，悬浮的细胞核在转位反应混合物中孵育，产生DNA片段（图3B）。最后，将转置的DNA进行扩增，生成测序文库（图3C）。转座酶与样品染色质的反应是ATAC实验...
在实验初始阶段,Buenrostro等用scATAC-seq方法对254个类淋巴母细胞进行了染色质可接近性图谱的分析。他们发现将这些单细胞数据合并分析后得到的结果与用DNase-seq或者ATAC-seq从大约107个细胞中或者104个细胞中得到的可接近性图谱具有很高的相关性(图4)[10],单细胞的数据再现了一些群体细胞ATAC-seq数据反映出...
不一样,这里的单细胞ATAC-seq是指一次细胞量在500个以上,做为一个样本进行的染色质可及性分析,而10x ATAC-seq是一次对上千个单细胞核进行染色质可及性分析,得到数据可以对应到每个单细胞上。 极客基因科技有限公司成立于2016年,专注于单细胞/少量细胞测序技术的开发推广及医学应用。公司为科研和企业用户提供技术服...
染色质转座酶可及性测序技术(ATAC-seq)可利用Tn5转座酶直接测量染色质可及性,已被广泛应用于鉴定转录因子对染色质的影响,构建细胞调控网络以及定位潜在的不同发育和疾病相关的表观遗传变化。最近,单细胞ATAC-seq技术的发展使在单个细胞中测量可及染色质成为可能,从而能够对异质组织内的稀有细胞类型进行表观基因组分析...