简单来说，ATAC-seq能告诉我们在特定细胞中哪些DNA区域是“开放”的，哪些是“关闭”的。更进一步，单细胞ATAC-seq则是在单个细胞水平上检测染色质可及性，这意味着我们可以看到每一个细胞内基因的开关状态，从而揭示不同细胞类型在不同条件下的独特基因表达模式。二、单细胞ATAC测序的技术原理 那么，这项技术是如何...
由ATAC-seq的原理可知染色质的可及性与转录调控密切相关,并且由于ATAC-seq具有所需细胞量少、高性价比、获取信息全面、起始量低的特点,广泛应用于动植物表型差异、复杂疾病、肿瘤研究等,如染色体开放性图谱绘制、作物表观修饰差异研究、疾病潜在标志物的预测以及胚胎发育表观遗传修饰等,还可结合转录组差异表达数据,揭示...
单细胞ATAC-seq技术,顾名思义就是在单细胞水平上的ATAC-seq技术,它兼具单细胞技术的高分辨率及ATAC-seq的优势,是目前研究基因表观组学的热门技术。ATAC-seq的全称是Assay for transposase-accessible chromatin with high-throughput sequencing,是基于高通量测序对开放性染色质(open chromatin)进行研究的技术。 1 开放...
研究者使用AtacWorks来训练深度学习模型,从四种细胞类型(B细胞、NK细胞、CD4+和CD8+T细胞)中获取ATAC-seq数据集,并对数据集进行了5,000万reads读取的深度采样,以产生标准化的干净(高覆盖率)数据,使用MACS2(ATAC-seq数据的标准峰调用器)识别每个干净数据集的峰值。然后,对每个干净的数据集进行二次采样,得到多个较...
单细胞转录组测序(scRNA-seq)是在单细胞水平上研究基因表达差异的技术,为细胞异质性研究提供了有力手段。而单细胞ATAC测序(scATAC-seq)是利用转座酶在单细胞水平上研究染色质开放性的技术,可以提供高分辨率的单细胞染色质开放图谱,有助于深入研究细胞异质性的表观遗传调控机理。它们的研究对象一个是mRNA,一个是染色...
单细胞ATAC测序(Assay for Transposase-Accessible Chromatin using sequencing,ATAC-seq)作为一把的“分子钥匙”,正逐步揭示细胞内部那深不可测的基因调控网络。LabEx可提供 scRNA-seq/scATAC-seq服务,对同一细胞进行全基因组表观基因组分析和转录组联合分析。
Genome Medicine(IF 10.4)一箭双雕!单细胞如何同时进行RNA-seq和ATAC-seq?, 视频播放量 69、弹幕量 0、点赞数 2、投硬币枚数 0、收藏人数 2、转发人数 1, 视频作者 科研显微镜, 作者简介 哈喽吖,我是小薇,致力于生物医学前沿研究,发表过多篇高水平论文,有问题可以咨
通过ATAC-seq来定义细胞类型和状态 与单细胞RNA-seq一样,单细胞ATAC-seq也可以对相似的细胞类型和状态进行鉴定和聚类。不过,scATAC-seq数据所用的细胞类型注释方法略有不同。使用scATAC-seq进行细胞注释的最简单的方法是将开放启动子区域作为转录活性的信号。
单细胞ATAC-seq的数据格式通常包括以下几个部分:1. **FASTQ格式**:原始测序数据通常以FASTQ格式存储,包含测序读段(reads)的序列信息和相应的质量评分。每个细胞都有一个对应的FASTQ文件。2. **BAM格式**:经过质量过滤、比对到参考基因组后的数据通常存储为BAM格式。BAM文件包含了每个读段在基因组上的位置信息以及...
目前,单细胞ATAC-seq分析工具Scasat在细胞分类中的表现出积极的作用。Scasat是一个用简单的步骤处理scATAC-seq数据的完整管道。它将数据视为二进制,并应用特别适用于二进制数据的统计方法。该管道是在Jupyter笔记本环境中开发的,该环境包含可执行代码以及必要的描述和结果。 一.完整的Scasat工作流程 下图描述了完整的...