技术原理 单细胞ATAC-seq 技术原理 应用方向 细胞类型鉴定:细胞的开放染色质区域、细胞的功能和特征。 发育过程研究:染色质可及性变化,揭示细胞的转录因子调控网络和细胞命运决定的机制。 细胞状态转换:研究细胞的分化过程、干细胞的自我更新和细胞的再编程过程等。 研究疾病和肿瘤异质性:疾病和肿瘤中细胞的染色质可及...
单细胞ATAC-seq技术,顾名思义就是在单细胞水平上的ATAC-seq技术,它兼具单细胞技术的高分辨率及ATAC-seq的优势,是目前研究基因表观组学的热门技术。ATAC-seq的全称是Assay for transposase-accessible chromatin with high-throughput sequencing,是基于高通量测序对开放性染色质(open chromatin)进行研究的技术。 1 开放...
ATAC-seq是通过使用转座酶打开染色质,使ATAC-seq测序数据中更容易获得开放染色质区域。但是,由于核小体的存在,染色质某些区域会被核小体所保护,从而阻碍转座酶的结合和DNA的开放。因此,ATAC-seq测序数据中,具有核小体保护的区域通常表现出较低的ATAC-seq信号。ATAC-seq是通过使用转座酶打开染色质,使ATAC-seq测序数...
ATAC技术科普 ATAC-seq(Assay for transposase-accessible chromatin with high-throughput sequencing)是基于高通量测序的染色质开放性研究,染色质开放区域是染色质中呈松散状态、可发生DNA复制和基因转录的区域,ATAC-seq 使用改造 Tn5转座酶,捕获染色质开放区,将测序接头引入开放染色质...
单细胞ATAC-seq 技术原理 应用方向 细胞类型鉴定:细胞的开放染色质区域、细胞的功能和特征。 发育过程研究:染色质可及性变化,揭示细胞的转录因子调控网络和细胞命运决定的机制。 细胞状态转换:研究细胞的分化过程、干细胞的自我更新和细胞的再编程过程等。
ATAC-seq(Assay for Transposase-Accessible Chromatin with high throughput sequencing) 是2013年由斯坦福大学William J. Greenleaf和Howard Y. Chang实验室开发的用于研究染色质可及性(通常也理解为染色质的开放性)的方法, 其原理是利用转座酶Tn5容易结合在开放染色质的特性,将转座DNA设计为接头,随机插入染色质的开放...
ATAC-Seq技术核心便是孵育连接测序接头的Tn5转座酶。在ATAC-Seq实验中,首先提取细胞核与连有接头的Tn5转座酶进行孵育,这时Tn5转座酶便会特异结合到染色质的开放区域,对开放区域进行切割打断的同时插入测序接头,而螺旋缠绕的部分不会受到转座酶的影响。把这些被切割打断后的DNA收集在一起进行文库构建、测序就可以得到...
当涉及到肿瘤异质性或发育过程等问题时,这种变异性通常是生物学的一个重要特征。ATAC-Seq方法的最初发明者Jason Buenrostro及其同事着手通过调整ATAC-Seq协议使其与单细胞分析兼容来改进ATAC-Seq,并发表在《自然》杂志上。 他们最初的实验使用Fluidigm C1的微流体平台来帮助他们研究单细胞,但如今许多单细胞ATAC-Seq(...
将scATAC-seq与scRNA-seq数据整合,发现两种技术注释出的细胞类型一致,但比例存在一定差异(图2A, D, E)。相比于scRNA-seq只有75%是生殖细胞,scATAC-seq可获得更大比例的生殖细胞,约占90%。更重要的是,scATAC-seq技术下不同睾丸体细胞和生殖细胞的占比与已发表的数据更为相似,表明ATAC技术在评估人类睾丸细胞比例...
近年来,ATAC-seq技术成为研究基因表观组学的新利器,在Cell、Nature等顶级期刊发表了多篇高分文章。这些研究主要通过ATAC-seq来研究表观遗传学调控,包括信号通路、细胞发育、疾病发生等,同时结合motif分析来识别哪些转录因子参与基因表达调控。 表1 ATAC-seq发表的部分高分文章 ...