单细胞转录组与单细胞ATAC测序数据关联分析思路 单细胞转录组测序(scRNA-seq)是在单细胞水平上研究基因表达差异的技术,为细胞异质性研究提供了有力手段。而单细胞ATAC测序(scATAC-seq)是利用转座酶在单细胞水平上研究染色质开放性的技术,可以提供高分辨率的单细胞染色质开放图谱,有助于深入研究细胞异质性的表观遗传调...
合在一起,这些观察结果进一步支持了一个模型,其中具有高细胞增殖和高水平CD1A标记表达的 LCH 祖细胞通过渐进过程产生分化细胞亚群,这些细胞亚群增殖较少并携带基因表达谱,让人联想到分化免疫细胞,包括树突状细胞(在 LCH-S12 亚群中最为明显)。 为了确认所分析的细胞亚群确实构成了真正的LCH 细胞,研究者进行了两项互...
传统的混池ATAC-seq分析中,会使用TSS富集得分作为标准流程的一部分,用于确定信噪比(如ENCODE计划)。我们和其他人通过混池ATAC-seq和scATAC-seq分析发现,TSS富集得分在大部分的细胞类型中都具有代表性。TSS富集得分的背后思想是,由于大蛋白复合体会结合在启动子区域,ATAC-seq数据更多的富集在基因的TSS区域而不基因组其他...
Signac是Seurat的一个扩展功能R包,可以用来分析、解释和探索单细胞染色质数据集。目前,Signac包主要专注于分析单细胞ATAC-seq数据,之后还会添加其他基于染色质调控的单细胞测序数据分析的新功能。 Signac包主要支持以下功能: 单细胞数据质控指标的计算 数据降维、可视化和细胞聚类 细胞类型特异性peak的鉴定 “pseudo-bulk...
单细胞ATAC-seq(Assay for Transposase-Accessible Chromatin using sequencing)技术在单细胞层次上通过Tn5 DNA转座酶在开放染色质插入测序接头进行标记并测序,从而获取“高分辨“的单细胞精度的染色质开放图谱,并依此揭示细胞异质性的调控机制。 真核生物的染色质具有复杂的高级结构,由DNA一圈一圈缠绕在组蛋白上形成串珠...
传统的混池ATAC-seq分析中,会使用TSS富集得分作为标准流程的一部分,用于确定信噪比(如 ENCODE计划)。我们和其他人通过混池ATAC-seq和scATAC-seq分析发现,TSS富集得分在大部分的细胞类型中都具有代表性。TSS富集得分的背后思想是,由于大蛋白复合体会结合在启动子区域,ATAC-seq数据更多的富集在基因的TSS区域而不基因组...
单细胞ATAC-seq数据分析软件是由上海嘉因生物科技有限公司著作的软件著作,该软件著作登记号为:2021SR0969802,属于分类,想要查询更多关于单细胞ATAC-seq数据分析软件著作的著作权信息就到天眼查官网!
单细胞ATAC-seq(Assay for Transposase-Accessible Chromatin using sequencing)技术在单细胞层次上通过Tn5 DNA转座酶在开放染色质插入测序接头进行标记并测序,从而获取“高分辨“的单细胞精度的染色质开放图谱,并依此揭示细胞异质性的调控机制。 越来越多的研究者们应用单细胞ATAC-seq技术,在肿瘤、免疫、发育领域获取大量...
单细胞ATAC-seq数据分析有诸多挑战。第一,染色质开放位点数有几十万之多,造成“维度灾难”。第二,只能捕获有限的开放信号,使得数据异常稀疏。第三,在二倍体基因组上一个开放区域一般只有两个拷贝,使得数据近乎二值化。 主要研究内容...
本发明公开了一种单细胞ATAC‑seq数据分析方法,通过提取单细胞分辨率的染色质可达性特征峰序列中转录因子‑DNA结合基元的所属种类、相对位置、长距离依赖关系等众多转录调控语法规则,从而更全面地表示单个细胞的功能状态和高阶特征。此外,本发明方法利用获取的转录调控语法规则、细胞功能状态和高阶特征,一站式地实现染...