由ATAC-seq的原理可知染色质的可及性与转录调控密切相关,并且由于ATAC-seq具有所需细胞量少、高性价比、获取信息全面、起始量低的特点,广泛应用于动植物表型差异、复杂疾病、肿瘤研究等,如染色体开放性图谱绘制、作物表观修饰差异研究、疾病潜在标志物的预测以及胚胎发育表观遗传修饰等,还可结合转录组差异表达数据,揭示...
Single-celled ATAC - seq 一、介绍 单细胞ATAC测序(scATAC-seq)是基于10x genomics平台的微流控和油滴包裹技术,在单细胞水平对细胞染色质开放区域进行检测的新技术,可用于绘制细胞染色质开放区的单细胞图谱,是一种高分辨率研究染色质开放程度与DNA结合蛋白调控基因的表达网络,在单细胞水平研究表观遗传学的有效手段。
简单来说，ATAC-seq能告诉我们在特定细胞中哪些DNA区域是“开放”的，哪些是“关闭”的。更进一步，单细胞ATAC-seq则是在单个细胞水平上检测染色质可及性，这意味着我们可以看到每一个细胞内基因的开关状态，从而揭示不同细胞类型在不同条件下的独特基因表达模式。二、单细胞ATAC测序的技术原理 那么，这项技术是如何...
单细胞ATAC-seq(Assay for Transposase accessible chromatin with high-throughput sequencing)通过将单个细胞分离并利用DNA转座酶进行转座反应,然后对其进行测序,从而获得单个细胞的染色质开放区域的信息。这种方法可以解决细胞异质性问题,揭示不同细胞之间的染色质可及性差异和功能差异。 技术原理单细胞ATAC-seq 技术原理 ...
单细胞ATAC-seq原理 ATAC-seq技术利用转座酶Tn5容易结合在开放染色质的特性,在切割获取DNA的同时加入接头,经过PCR扩增后即可进行高通量测序,获得全基因组范围内开放染色质的序列信息(图1)。 图1 转座酶Tn5作用示意图 单细胞ATAC-seq测序则是在此基础上与单细胞技术联合起来,例如联合单细胞组合标记测序技术(single-ce...
一、工作原理 10x单细胞ATAC-seq的技术中,带核酸标签链的凝胶微珠(Gel bead)是重要的技术核心。每一个凝胶微珠上连着特定的DNA片段,DNA片段由三部分序列组成:P5接头序列、10x Barcode序列、Read 1N序列。 P5序列是适配illumina测序的接头序列。 10x Barcode序列是16个碱基的长度,一共有400万种Barcode,一个微珠是...
图1 ATAC-seq技术原理[1] 单细胞测序技术作为前沿技术之一,持续占据着各大期刊的版面,ATAC-seq堪称表观学研究领域的新宠,在顶级期刊逐渐崭露头角。基于2018年大火的大规模单细胞研究黑科技10x Genomics ChromiumTM平台,安诺优达将单细胞测序和ATAC测序技术进行结合,隆重推出单细胞A...
技术原理 单细胞ATAC-seq是建立在GemCode技术上的微流体平台(图5)。 首先,转座酶进入细胞核,并优先在染色质的开放区域片段化DNA,同时在DNA片段的末端添加测序引物; 其次,带有条形码的凝胶珠和单个细胞核包裹在油滴中。每个油滴内,凝胶珠溶解,细胞核裂解释放片段化的DNA片段,接下来给每个细胞核内的DNA加上barcode,...
技术原理 10x单细胞ATAC-seq基于GemCode微流体平台,首先利用转座酶混合液孵育细胞核悬液,转座酶进入细胞核,优先在切割开放染色质区域使DNA片段化,并在DNA片段的末端添加测序引物;其次,带有标签(Barcode)的凝胶珠(GelBeads)和单个细胞核包裹在油滴中,形成GEMs;随后凝胶珠溶解,细胞核裂解释放DNA片段,并在片段末端加上标...