这就引出了ATAC-seq技术（Assay for Transposase-Accessible Chromatin with sequencing），它是一种检测染色质开放状态的方法。简单来说，ATAC-seq能告诉我们在特定细胞中哪些DNA区域是“开放”的，哪些是“关闭”的。更进一步，单细胞ATAC-seq则是在单个细胞水平上检测染色质可及性，这意味着我们可以看到每一个细胞内...
单细胞ATAC-seq技术,顾名思义就是在单细胞水平上的ATAC-seq技术,它兼具单细胞技术的高分辨率及ATAC-seq的优势,是目前研究基因表观组学的热门技术。ATAC-seq的全称是Assay for transposase-accessible chromatin with high-throughput sequencing,是基于高通量测序对开放性染色质(open chromatin)进行研究的技术。 1 开放...
单细胞ATAC-seq(Assay for Transposase accessible chromatin with high-throughput sequencing)通过将单个细胞分离并利用DNA转座酶进行转座反应,然后对其进行测序,从而获得单个细胞的染色质开放区域的信息。这种方法可以解决细胞异质性问题,揭示不同细胞之间的染色质可及性差异和功能差异。 技术原理 单细胞ATAC-seq 技术原理...
开放染色质的研究方法有ATAC-seq以及传统的DNase-Seq、MNase-seq、ChIP-seq以及FAIRE-seq等,ATAC-Seq由于所需细胞量少,实验简单,并且可以在全基因组范围内检测染色质的开放状态,目前已经成为研究染色质开放性的首选技术方法。 ATAC-seq的应用? 由ATAC-seq的原理可知染色质的可及性与转录调控密切相关,并且由于ATAC-...
单细胞转录组测序(scRNA-seq)是在单细胞水平上研究基因表达差异的技术,为细胞异质性研究提供了有力手段。而单细胞ATAC测序(scATAC-seq)是利用转座酶在单细胞水平上研究染色质开放性的技术,可以提供高分辨率的单细胞染色质开放图谱,有助于深入研究细胞异质性的表观遗传调控机理。它们的研究对象一个是mRNA,一个是染色...
这就引出了ATAC-seq技术(Assay for Transposase-Accessible Chromatin with sequencing),它是一种检测染色质开放状态的方法。简单来说,ATAC-seq能告诉我们在特定细胞中哪些DNA区域是“开放”的,哪些是“关闭”的。更进一步,单细胞ATAC-seq则是在单个细胞水平上检测染色质可及性,这意味着我们可以看到每一个细胞内基因...
ATAC-seq的全称是Assay for Transposase-Accessible Chromatin with high throughputsequencing。在基因组上,有很多开放的染色质区域,这些区域是转录因子和转录元件的重要结合位点。在此之前,其实已经有多种手段可以用来研究转录调控区域。比如DNAse-seq和FAIRE-seq,但是相比于这两个技术,ATAC-seq具有样本数目少(约500个...
近年来,ATAC-seq技术成为研究基因表观组学的新利器,在Cell、Nature等顶级期刊发表了多篇高分文章。这些研究主要通过ATAC-seq来研究表观遗传学调控,包括信号通路、细胞发育、疾病发生等,同时结合motif分析来识别哪些转录因子参与基因表达调控。 表1 ATAC-seq发表的部分高分文章 ...
一、ATAC-seq是什么? ATAC-seq(Assay for Transposase Accessible Chromatin with high-throughput sequencing),即利用转座酶研究染色质可进入性的高通量测序技术。从定义可以看出该技术的研究目标是染色质的可进入性。 我们都知道DNA链很长,要压缩在很小的细胞核中,必须形成紧密的高级结构。但连接过于致密的话,调控蛋...
ATAC-seq(Assay for Transposase-Accessible Chromatin with high throughput sequencing) 是2013年由斯坦福大学William J. Greenleaf和Howard Y. Chang实验室开发的用于研究染色质可及性(通常也理解为染色质的开放性)的方法, 其原理是利用转座酶Tn5容易结合在开放染色质的特性,将转座DNA设计为接头,随机插入染色质的开放...