单细胞ATAC-seq是研究表观遗传学调控的利器,该技术经常被应用于疾病发生、细胞发育等方面。 Darren A C等人利用单细胞ATAC-seq技术绘制了雄性小鼠13个组织的染色质可及性图谱,发现了85类染色质可及性及约40万个潜在的调节元件,为了解哺乳动物的染色质可及性打下了基础。 首先根据单细胞的染色质可及性的异同将所...
10X单细胞ATAC-seq基于GemCode微流体平台,经组织→单细胞悬浮液→单细胞核悬浮液制备几步之后,①利用转座酶混合液孵育细胞核悬液,转座酶进入细胞核,优先在切割开放染色质区域使DNA片段化,并在DNA片段的末端添加测序引物;②带有标签(Barcode)的凝胶珠(GelBeads)和单个细胞核包裹在油滴中,形成GEMs;③随后凝胶珠溶解,...
为了证明该方法也适用于更广泛的ATAC-seq,研究者使用AtacWorks对来自高通量单细胞ATAC-seq实验的数据进行去噪。首先从珠状分离的人类血细胞中获得了液滴单细胞ATAC-seq(dscATAC-seq)数据,并按细胞类型聚合了单细胞染色质可及性图谱。从数据集中选择了两种细胞类型(B细胞和单核细胞),通过对每种类型的细胞子集进行随...
单细胞转录组测序(scRNA-seq)是在单细胞水平上研究基因表达差异的技术,为细胞异质性研究提供了有力手段。而单细胞ATAC测序(scATAC-seq)是利用转座酶在单细胞水平上研究染色质开放性的技术,可以提供高分辨率的单细胞染色质开放图谱,有助于深入研究细胞异质性的表观遗传调控机理。它们的研究对象一个是mRNA,一个是染色...
染色质转座酶可及性测序技术(ATAC-seq)可利用Tn5转座酶直接测量染色质可及性,已被广泛应用于鉴定转录因子对染色质的影响,构建细胞调控网络以及定位潜在的不同发育和疾病相关的表观遗传变化。最近,单细胞ATAC-seq技术的发展使在单个细胞中测量可及染色质成为可能,从而能够对异质组织内的稀有细胞类型进行表观基因组分析...
综上所述,scAGDE模型通过深度学习和图嵌入技术,创新性地解决了单细胞ATAC-seq数据分析中的多个挑战,特别是在数据降维、细胞聚类和转录调控机制解析方面。它能够高效处理数据的稀疏性,精准识别细胞类型特异性的染色质调控元素,并揭示细胞功能...
本文介绍由美国生物科技公司Calico Life Sciences的Han Yuan 和 David R. Kelley共同通讯发表在 Nature methods 的研究成果:单细胞ATAC-seq(scATAC)在研究表观遗传景观中的细胞异质性方面具有巨大前景,但由于数据高维性和稀疏性的特点,scATAC的分析仍然面临重大挑战。为此,作者提出了一种基于DNA序列的卷积神经网络方法(...
目前,单细胞ATAC-seq分析工具Scasat在细胞分类中的表现出积极的作用。Scasat是一个用简单的步骤处理scATAC-seq数据的完整管道。它将数据视为二进制,并应用特别适用于二进制数据的统计方法。该管道是在Jupyter笔记本环境中开发的,该环境包含可执行代码以及必要的描述和结果。 一.完整的Scasat工作流程 下图描述了完整的...
不一样,这里的单细胞ATAC-seq是指一次细胞量在500个以上,做为一个样本进行的染色质可及性分析,而10x ATAC-seq是一次对上千个单细胞核进行染色质可及性分析,得到数据可以对应到每个单细胞上。 极客基因科技有限公司成立于2016年,专注于单细胞/少量细胞测序技术的开发推广及医学应用。公司为科研和企业用户提供技术服...
单细胞 ATAC-seq(scATAC-seq)能够测量单细胞水平的染色质开放信息,是用于研究基因调控和细胞异质性的重要方法之一。细胞注释是 scATAC-seq 数据分析中非常重要的一步,然而,scATAC-seq 数据由于其高维度、高稀疏度、高噪音的特点,使得细胞注释较为困难。大多数现有的注释方法基于多模态整合,容易受到批次效应的影响,并且...