单细胞ATAC-seq是研究表观遗传学调控的利器,该技术经常被应用于疾病发生、细胞发育等方面。 Darren A C等人利用单细胞ATAC-seq技术绘制了雄性小鼠13个组织的染色质可及性图谱,发现了85类染色质可及性及约40万个潜在的调节元件,为了解哺乳动物的染色质可及性打下了基础。 首先根据单细胞的染色质可及性的异同将所...
将单细胞测序技术与ATAC-seq相结合,可以在解决细胞异质性的同时,研究细胞转录调控机制,成为单细胞表观遗传学的一大突破。 10X Genomics ChromiumTM平台作为大规模单细胞研究黑科技,在2018年底隆重推出单细胞ATAC产品——10X单细胞ATAC-seq,将单细胞测序和ATAC测序技术进行结合(也可理解为是ATAC-seq在单细胞上的应用),...
比如DNAse-seq和FAIRE-seq,但是相比于这两个技术,ATAC-seq具有样本数目少(约500个细胞就足够)、时间短等特点,在转录组学和表观遗传学等方面的作用令人值得期待,因此在近期具有相当高的研究热度。 在2019年《Nucleic Acids Research》的第47期No.2中, 来自英国曼彻斯特大学的研究人员发表了单细胞ATAC-seq分析工具Sca...
今天小编就给大家详细介绍一下单细胞ATAC-seq技术,以便从表观调控层面进行单细胞研究,作为单细胞转录组的补充,挖掘更深层的分子机制。 图1 一、ATAC-seq是什么? ATAC-seq(Assay for Transposase Accessible Chromatin with high-throughput sequencing),即利用转座酶研究染色质可进入性的高通量测序技术。从定义可以看出...
CH-ATAC-seq是一种基于组合杂交的单细胞染色质可及性技术。首先,细胞核在4个96孔板内经过转座反应打上第一轮共384种标签。然后,细胞核被收集混匀并均匀分布到新的96孔板进行杂交反应,并引入第二轮共768种标签。最后,细胞核再次收集并分布到96孔板进行PCR反应,引入最后一轮共384种标签。理论上,单次实验可以处理百...
单细胞ATAC-seq(scATAC-seq)将单细胞技术和ATAC-seq进行结合的能够在单细胞层面探索染色质开放性的有效方法。单细胞层面的scATAC-seq可以批量检测染色质的开放程度,结合生信分析鉴定转录因子结合位点,可以在DNA水平系统研究基因的转录调控。
单细胞 ATAC-seq(Aaasay for transposase Accessible Chromatin with high throughput sequencing at the single cell level)是指在单细胞水平上检测开放染色质的方法。其原理为基于 Tn5 转座酶对片段化 DNA 和整合入活化的调控区域的高敏感性。目前,单细胞 ATAC-seq 技术可应用于肿瘤异质性、免疫微环境、神经科学、...
染色质转座酶可及性测序技术(ATAC-seq)可利用Tn5转座酶直接测量染色质可及性,已被广泛应用于鉴定转录因子对染色质的影响,构建细胞调控网络以及定位潜在的不同发育和疾病相关的表观遗传变化。最近,单细胞ATAC-seq技术的发展使在单个细胞中测量可及染色质成为可能,从而能够对异质组织内的稀有细胞类型进行表观基因组分析...
不得不承认,单细胞的出现确实是具有划时代意义的,将组学研究的视野提高到了一个新的维度;随之而来的,单细胞转录组、单细胞ATAC-seq、单细胞免疫组库、单细胞蛋白组等单细胞技术如雨后春笋般出现在人们的视野中,依稀单细胞多组学时代真正到来。 Each technology measures only particular aspects of cellular identity ...
10X单细胞ATAC-seq技术路线 首先利用转座酶孵育细胞核,形成片段化DNA; 其次利用“双十字”微流体系统形成单细胞核的GEM(Gel bead in EMulsion),此时每一个GEM中10X Barcodes序列是相同且特异的(Barcodes被密集连接在Gel bead上,通过Barcodes序列可以区分不同细胞核); ...