单细胞ATAC-seq是研究表观遗传学调控的利器,该技术经常被应用于疾病发生、细胞发育等方面。 Darren A C等人利用单细胞ATAC-seq技术绘制了雄性小鼠13个组织的染色质可及性图谱,发现了85类染色质可及性及约40万个潜在的调节元件,为了解哺乳动物的染色质可及性打下了基础。 首先根据单细胞的染色质可及性的异同将所...
10X Genomics ChromiumTM平台作为大规模单细胞研究黑科技,在2018年底隆重推出单细胞ATAC产品——10X单细胞ATAC-seq,将单细胞测序和ATAC测序技术进行结合(也可理解为是ATAC-seq在单细胞上的应用),使得在单细胞水平上研究染色质开放性成为现实。 图7 10x Genomics ChromiumTM平台 10X单细胞ATAC-seq基于GemCode微流体平台...
今天小编就给大家详细介绍一下单细胞ATAC-seq技术,以便从表观调控层面进行单细胞研究,作为单细胞转录组的补充,挖掘更深层的分子机制。 图1 一、ATAC-seq是什么? ATAC-seq(Assay for Transposase Accessible Chromatin with high-throughput sequencing),即利用转座酶研究染色质可进入性的高通量测序技术。从定义可以看出...
单细胞ATAC-seq(Assay for Transposase-Accessible Chromatin using sequencing)技术在单细胞层次上通过Tn5 DNA转座酶在开放染色质插入测序接头进行标记并测序,从而获取“高分辨“的单细胞精度的染色质开放图谱,并依此揭示细胞异质性的调控机制。 越来越多的研究者们应用单细胞ATAC-seq技术,在肿瘤、免疫、发育领域获取大量...
单细胞ATAC-seq(scATAC-seq)将单细胞技术和ATAC-seq进行结合的能够在单细胞层面探索染色质开放性的有效方法。单细胞层面的scATAC-seq可以批量检测染色质的开放程度,结合生信分析鉴定转录因子结合位点,可以在DNA水平系统研究基因的转录调控。
比如DNAse-seq和FAIRE-seq,但是相比于这两个技术,ATAC-seq具有样本数目少(约500个细胞就足够)、时间短等特点,在转录组学和表观遗传学等方面的作用令人值得期待,因此在近期具有相当高的研究热度。 在2019年《Nucleic Acids Research》的第47期No.2中, 来自英国曼彻斯特大学的研究人员发表了单细胞ATAC-seq分析工具...
染色质转座酶可及性测序技术(ATAC-seq)可利用Tn5转座酶直接测量染色质可及性,已被广泛应用于鉴定转录因子对染色质的影响,构建细胞调控网络以及定位潜在的不同发育和疾病相关的表观遗传变化。最近,单细胞ATAC-seq技术的发展使在单个细胞中测量可及染色质成为可能,从而能够对异质组织内的稀有细胞类型进行表观基因组分析...
单细胞 ATAC-seq(Aaasay for transposase Accessible Chromatin with high throughput sequencing at the single cell level)是指在单细胞水平上检测开放染色质的方法。其原理为基于 Tn5 转座酶对片段化 DNA 和整合入活化的调控区域的高敏感性。目前,单细胞 ATAC-seq 技术可应用于肿瘤异质性、免疫微环境、神经科学、...
10X单细胞ATAC-seq技术路线 首先利用转座酶孵育细胞核,形成片段化DNA; 其次利用“双十字”微流体系统形成单细胞核的GEM(Gel bead in EMulsion),此时每一个GEM中10X Barcodes序列是相同且特异的(Barcodes被密集连接在Gel bead上,通过Barcodes序列可以区分不同细胞核); ...
斯坦福大学ATAC-seq发明者团队再出高分力作:单细胞ATAC-seq技术揭示免疫治疗后T细胞衰竭...生物_医药_科研 2019-08-06 本站是提供个人知识管理的网络存储空间,所有内容均由用户发布,不代表本站观点。请注意甄别内容中的联系方式、诱导购买等信息,谨防诈骗。如发现有害或侵权内容,请点击一键举报。转藏 分享 献花...