单细胞ATAC测序（Assay for Transposase-Accessible Chromatin using sequencing，ATAC-seq）作为一把的“分子钥匙”，正逐步揭示细胞内部那深不可测的基因调控网络。LabEx可提供 scRNA-seq/scATAC-seq服务，对同一细胞进行全基因组表观基因组分析和转录组联合分析。一、单细胞ATAC测序是什么？单细胞ATAC测序，我们首先要...
单细胞转录组测序(scRNA-seq)是在单细胞水平上研究基因表达差异的技术,为细胞异质性研究提供了有力手段。而单细胞ATAC测序(scATAC-seq)是利用转座酶在单细胞水平上研究染色质开放性的技术,可以提供高分辨率的单细胞染色质开放图谱,有助于深入研究细胞异质性的表观遗传调控机理。它们的研究对象一个是mRNA,一个是染色...
单细胞ATAC测序(Assay for Transposase-Accessible Chromatin using sequencing,ATAC-seq)作为一把的“分子钥匙”,正逐步揭示细胞内部那深不可测的基因调控网络。LabEx可提供 scRNA-seq/scATAC-seq服务,对同一细胞进行全基因组表观基因组分析和转录组联合分析。 一、单细胞ATAC测序是什么? 单细胞ATAC测序,我们首先要理解...
10X单细胞ATAC-seq基于GemCode微流体平台,经组织→单细胞悬浮液→单细胞核悬浮液制备几步之后,①利用转座酶混合液孵育细胞核悬液,转座酶进入细胞核,优先在切割开放染色质区域使DNA片段化,并在DNA片段的末端添加测序引物;②带有标签(Barcode)的凝胶珠(GelBeads)和单个细胞核包裹在油滴中,形成GEMs;③随后凝胶珠溶解,...
单核RNA测序(snRNA-seq)和单核染色质易开放区域测序(snATAC-seq)结果揭示了少突胶质细胞谱系中细胞比例的显著变化,揭示了数千种人类特异性调控变化。该研究进一步评估了这些调控变化与潜在的人类特异性替代的关联,在细胞分辨率上提供了人类大脑进化中DNA序列变化和功能之间的关键联系。还发现了即时早期基因转录因子(TFs...
ATAC-seq文库的构建包括细胞核制备、转位和扩增三个步骤。首先，将待检查的组织或细胞悬置为完整的、均匀的单细胞，随后在裂解缓冲液中培养产生粗核（图3A）。其次，悬浮的细胞核在转位反应混合物中孵育，产生DNA片段（图3B）。最后，将转置的DNA进行扩增，生成测序文库（图3C）。转座酶与样品染色质的反应是ATAC实验...
1月12日,南通大学生殖医学研究院孙斐教授及其团队在《Human Molecular Genetics》期刊发表了人类精子发生过程中的单细胞ATAC测序最新进展,题为:Single cell ATAC-Seq reveals cell type-specific transcriptional regulation and unique chromatin accessibility in human spermatogenesis。
1.人脑海马体的单细胞转录组分析 研究者通过对GW16-27的胚胎海马进行t-SNE分析分为47个细胞亚群,并细胞类型及鉴定为祖细胞、兴奋性神经元(EXN)、抑制性神经元(INN)等9类。通过对发育后期的海马进行ATAC-Seq,结果发现海马体发育的关键转录因子——P ROX1的启动子区域具有LEF1和TCF4的结合位点,揭示WNT信号通路对齿...
样品类型:小鼠+人 细胞 研究方法:scRNA-seq、ATAC-seq、RNA pull down-MS、CoIP-WB(云序均可提供) 研究摘要 减肥后体重反弹是治疗肥胖症的一大挑战。免疫细胞能适应波动的营养压力,但其在调节体重反弹中的作用仍不清楚。在本研究中发现了在节食引起体重下降的小鼠和人的骨髓(BM)中积累的干细胞样CD7 +单核细胞...
目前，对单个细胞内开放染色质区域进行检测的一种成熟方法是：通过下一代测序（NGS）平台，使用测序技术对转座酶可及性染色质（transposase-accessible chromatin）进行单细胞测定（即scATAC-seq）。然而，这种方法依然面临着挑战：对于来自scATAC-seq的数据，若要进行单倍型定相（haplotype phasing）或探测其中的大规模结构...