单细胞ATAC-seq技术,顾名思义就是在单细胞水平上的ATAC-seq技术,它兼具单细胞技术的高分辨率及ATAC-seq的优势,是目前研究基因表观组学的热门技术。ATAC-seq的全称是Assay for transposase-accessible chromatin with high-throughput sequencing,是基于高通量测序对开放性染色质(open chromatin)进行研究的技术。 1 开放...
单细胞ATAC-seq技术,顾名思义就是在单细胞水平上的ATAC-seq技术,它兼具单细胞技术的高分辨率及ATAC-seq的优势,是目前研究基因表观组学的热门技术。ATAC-seq的全称是Assay for transposase-accessible chromatin with high-throughput sequencing,是基于高通量测序对开放性染色质(open chromatin)进行研究的技术。 1 开放...
图3. 利用AtacWorks对ATAC-seq数据进行去噪,来源:Nature Communications 为了证明该方法也适用于更广泛的ATAC-seq,研究者使用AtacWorks对来自高通量单细胞ATAC-seq实验的数据进行去噪。首先从珠状分离的人类血细胞中获得了液滴单细胞ATAC-seq(dscATAC-seq)数据,并按细胞类型聚合了单细胞染色质可及性图谱。从数据集中...
单细胞ATAC测序（Assay for Transposase-Accessible Chromatin using sequencing，ATAC-seq）作为一把的“分子钥匙”，正逐步揭示细胞内部那深不可测的基因调控网络。LabEx可提供 scRNA-seq/scATAC-seq服务，对同一细胞进行全基因组表观基因组分析和转录组联合分析。一、单细胞ATAC测序是什么？单细胞ATAC测序，我们首先要...
在表观遗传学研究中,单细胞ATAC-seq技术让我们得以在单细胞水平观察染色质的可及性,揭示基因调控网络的奥秘。然而,这种技术也面临着数据稀疏和实验条件复杂等挑战。近期,宾夕法尼亚大学Junhyong Kim教授团队在Nature Communications上发表研究论文...
染色质转座酶可及性测序技术(ATAC-seq)可利用Tn5转座酶直接测量染色质可及性,已被广泛应用于鉴定转录因子对染色质的影响,构建细胞调控网络以及定位潜在的不同发育和疾病相关的表观遗传变化。最近,单细胞ATAC-seq技术的发展使在单个细胞中测量可及染色质成为可能,从而能够对异质组织内的稀有细胞类型进行表观基因组分析...
单细胞ATAC-seq(Assay for Transposase accessible chromatin with high-throughput sequencing)通过将单个细胞分离并利用DNA转座酶进行转座反应,然后对其进行测序,从而获得单个细胞的染色质开放区域的信息。这种方法可以解决细胞异质性问题,揭示不同细胞之间的染色质可及性差异和功能差异。 技术原理 单细胞ATAC-seq 技术原理...
单细胞转录组测序(scRNA-seq)是在单细胞水平上研究基因表达差异的技术,为细胞异质性研究提供了有力手段。而单细胞ATAC测序(scATAC-seq)是利用转座酶在单细胞水平上研究染色质开放性的技术,可以提供高分辨率的单细胞染色质开放图谱,有助于深入研究细胞异质性的表观遗传调控机理。它们的研究对象一个是mRNA,一个是染色...
染色质转座酶可及性测序技术(ATAC-seq)可利用Tn5转座酶直接测量染色质可及性,已被广泛应用于鉴定转录因子对染色质的影响,构建细胞调控网络以及定位潜在的不同发育和疾病相关的表观遗传变化。最近,单细胞ATAC-seq技术的发展使在单个细胞中测量可及染色质成为可能,从而能够对异质组织内的稀有细胞类型进行表观基因组分析...
在表观遗传学研究中,单细胞ATAC-seq技术让我们得以在单细胞水平观察染色质的可及性,揭示基因调控网络的奥秘。然而,这种技术也面临着数据稀疏和实验条件复杂等挑战。近期,宾夕法尼亚大学Junhyong Kim教授团队在Nature Communications上发表研究论文:Depth-corrected multi-factor dissection of chromatin accessibility for ...