单细胞ATAC-seq是研究表观遗传学调控的利器,该技术经常被应用于疾病发生、细胞发育等方面。 Darren A C等人利用单细胞ATAC-seq技术绘制了雄性小鼠13个组织的染色质可及性图谱,发现了85类染色质可及性及约40万个潜在的调节元件,为了解哺乳动物的染色质可及性打下了基础。 首先根据单细胞的染色质可及性的异同将所...
产品简介单细胞ATAC-seq(Assay for Transposase accessible chromatin with high-throughput sequencing)通过将单个细胞分离并利用DNA转座酶进行转座反应,然后对其进行测序,从而获得单个细胞的染色质开放区域…
单细胞转录组测序(scRNA-seq)是在单细胞水平上研究基因表达差异的技术,为细胞异质性研究提供了有力手段。而单细胞ATAC测序(scATAC-seq)是利用转座酶在单细胞水平上研究染色质开放性的技术,可以提供高分辨率的单细胞染色质开放图谱,有助于深入研究细胞异质性的表观遗传调控机理。它们的研究对象一个是mRNA,一个是染色...
概述了使用Cicero的单细胞ATAC-Seq分析工作流程。 Cicero可以执行两种主要类型的分析: 构建和分析顺式调节网络。Cicero通过分析共可及性来确定假定的顺式调控相互作用,并使用各种技术来可视化和分析; 一般单细胞染色质可及性分析。Cicero还扩展了软件包Monocle 允许使用单细胞染色质可及性数据识别差异可及性、聚类、可视...
此外,Cicero包提供了一个扩展工具包,用于使用Monocle 3提供的框架分析单细胞ATAC-seq实验。本简介提供了使用Cicero的单细胞ATAC-Seq分析工作流的概述。有关更多信息和选项,请参阅Cicero R包的手册页。 Cicero主要的两大功能: (1)建立和分析...
Buenrostro等将ATAC-seq的方法与Fluidigm的单细胞平台C1整合,通过简单的程序利用微流控芯片完成捕获、裂解、转座、PCR等实验过程,建立了自动化的单细胞染色质可接近性图谱研究方法scATAC-seq(Single-cell ATAC-seq)(图4)[10]。 图3 在C1上进行scATAC-seq进行表观遗传研究的试验流程[10] ...
在单细胞ATAC-seq实验中,首先需要在细胞核悬液中加入Tn5转座酶进行孵育,形成片段化DNA后再进入“T字”形微流体系统,与带有Barcode的凝胶微珠、细胞核和酶的混合物形成油包水结构(GEM),Gel beads上接有大量带有Barcodes(用以区分不同细胞核)的捕获序列,随后Gel beads溶解,细胞核破裂,片段化DNA同Barcodes序列连接...
ATAC-Seq(染色质开放性测序技术,Assay for Transposase-Accessible Chromatin with high throughput sequencing)是通过转座酶研究染色质开放性的高通量测序技术。在DNA复制和转录时,DNA紧密结构打开,调控因子才能结合在染色质上发挥功能。单细胞转录组数据能够基于差异基因进行细胞分群,但这些基因是如何被调控的,仍...
目前,单细胞ATAC-seq分析工具Scasat在细胞分类中的表现出积极的作用。Scasat是一个用简单的步骤处理scATAC-seq数据的完整管道。它将数据视为二进制,并应用特别适用于二进制数据的统计方法。该管道是在Jupyter笔记本环境中开发的,该环境包含可执行代码以及必要的描述和结果。 一.完整的Scasat工作流程 下图描述了完整的...
人类ENCODE项目最近发现,在单细胞水平上建立染色质景观对揭示假定的转录因子结合位点具有很重要的作用。在动物科学中,单细胞RNA测序(scRNA-seq)和单细胞ATAC-seq技术已成功应用于各种细胞类型和组织,以更好地了解染色质可及性对基因表达的影响。 scRNA-seq方法已应用于拟南芥根原生质体,可以准确表征数千个细胞的转录谱...