单细胞转录组测序(scRNA-seq)是在单细胞水平上研究基因表达差异的技术,为细胞异质性研究提供了有力手段。而单细胞ATAC测序(scATAC-seq)是利用转座酶在单细胞水平上研究染色质开放性的技术,可以提供高分辨率的单细胞染色质开放图谱,有助于深入研究细胞异质性的表观遗传调控机理。它们的研究对象一个是mRNA,一个是染色...
这里我将chip-seq&ATAC-Seq的分析分为了上游和下游两个模块,但是都只是介绍了常规的分析流程。因此,在面对具体课题的下游分析时,仍需要根据自己想要探究的问题进行个性化的分析。 一、介绍 具体的实验方法与流程抽空单独写一节 二、分析流程概述 ATAC-Seq和Chip-Seq都是对特定基因组区域进行的测序方法,在分析流程上...
ATACseq 应该代表对应于无核小体、单核小体和多核小体部分的片段长度的混合。我们可以使用 table() ...
ATAC-seq通过Tn5转座酶对染色质开放性位点的剪切和标签化,能够实现高效的染色质开放性图谱测序。传统的ATAC-seq步骤需要提取细胞核,然后再用Tn5转座酶处理。由于提取细胞核的步骤较为繁琐,且由于操作人员的熟练程度差异,去除细胞膜的效率不稳定,对实验速度和成功率造成影响。 本产品通过独创的一步法ATAC缓冲液,对PBS...
ATAC-seq(Assay forTransposase-AccessibleChromatin with high throughput sequencing)是使用高通量测序对Tn5转座酶易接近性染色质区域进行测序分析的一种表观遗传学研究技术。 该技术有两大特点:(1)转座酶只对开放染色质区域进行切割;(2)转座酶可以同时对切割下来的DNA片段的两端添加测序接头。
在这里,研究人员使用单细胞ATAC测序(single cell ATAC-seq)来评估一个大规模并行的基于液滴的方法在单细胞中映射转座酶可达染色质的性能。作者应用single cell ATAC-seq获得了20多万个人类血液和基底细胞癌单细胞的染色质谱。在血液中,single cell ATAC-seq的应用使细胞类型特异性顺式和反式调控元件的无标记识别、...
此外,通过对不同平台产生的单细胞scATAC-seq数据分析,臧充之团队在本文中首次报道了酶切序列内禀偏倚对单细胞开放染色质测序的影响。采用针对单细胞数据的SELMA算法纠偏后,修正的scATAC-seq数据可以获得更加准确的细胞聚类结果。 总的来说,...
S7.组间peak丰度差异分析。 2.根据权利要求1所述的一种ATAC-seq测序数据的生物信息分析方法,其特征在于:所述步骤S1中对ATAC-seq测序数据进行分析与质控的方法为:对下机的原始数据进行过滤,去除含有adapter的数据、N比例大于10%的数据和质量值Q≤10的碱基数占整条read的40%以上的数据。 3.根据权利要求1所述的一...
染色质可及性测序(ATAC-seq)分析系统是由杭州瑞普基因科技有限公司著作的软件著作,该软件著作登记号为:2024SR1626334,属于分类,想要查询更多关于染色质可及性测序(ATAC-seq)分析系统著作的著作权信息就到天眼查官网!
进一步地,所述步骤s1中对atac-seq测序数据进行分析与质控的方法为:对下机的原始数据进行过滤,去除含有测序接头(adapter)的数据、n比例大于10%的数据和质量值q≤10的碱基数占整条测序片段(read)的40%以上的数据。 进一步地,所述s2中比对分析具体包括:利用比对软件bowtie2将步骤s1获得的数据比对到参考基因组进行比对...