而单细胞ATAC测序(scATAC-seq)是利用转座酶在单细胞水平上研究染色质开放性的技术,可以提供高分辨率的单细胞染色质开放图谱,有助于深入研究细胞异质性的表观遗传调控机理。它们的研究对象一个是mRNA,一个是染色质,而染色质开放性在很大程度上决定了基因的表达。因此,通过将scRNA-seq和scATAC-seq相结合,可以同时获得...
单细胞ATAC-seq(Assay for Transposase accessible chromatin with high-throughput sequencing)通过将单个细胞分离并利用DNA转座酶进行转座反应,然后对其进行测序,从而获得单个细胞的染色质开放区域的信息。这种方法可以解决细胞异质性问题,揭示不同细胞之间的染色质可及性差异和功能差异。 技术原理 单细胞ATAC-seq 技术原理...
常见的ChIP-seq、DNase-seq、MNase-seq等技术无法进行单细胞测序，而ATAC-seq经过实验验证是可以进行单细胞测序的。4.3 ATAC-seq技术的局限性 1、Tn5转座酶通过“剪切和粘贴”机制，同时用测序标签对DNA的未保护区域进行片段化以及标记。每个DNA片段两端的测序引物接头都是随机的，这导致一个片段两端的测序引物相同的...
目前，单细胞转录组测序(Single-cell RNA sequencing，scRNA-seq) 是一种流行且强大的技术， 可一次性...
不一样,这里的单细胞ATAC-seq是指一次细胞量在500个以上,做为一个样本进行的染色质可及性分析,而10x ATAC-seq是一次对上千个单细胞核进行染色质可及性分析,得到数据可以对应到每个单细胞上。 极客基因科技有限公司成立于2016年,专注于单细胞/少量细胞测序技术的开发推广及医学应用。公司为科研和企业用户提供技术服...
他们最初的实验使用Fluidigm C1的微流体平台来帮助他们研究单细胞,但如今许多单细胞ATAC-Seq(scATAC-Seq)方案使用10X Genomics平台。分离单细胞后,用 Tn5 转座酶标记它们,并使用细胞识别条形码引物通过 PCR 扩增文库。在汇集这些库后,可以像往常一样对它们进行测序。
cellranger-atac软件是用于处理10x Genomics平台Chromium Single Cell ATAC-seq测序数据的分析流程。该软件主要包括以下四个分析流程: cellranger-atac mkfastq: 该子程序主要将Illumina测序仪产生的原始raw base call (BCL)测序文件转换为FASTQ文件,该命令中封装着bcl2fastq程序。
在这里,研究人员使用单细胞 ATAC 测序(single cell ATAC-seq) 来评估一个大规模并行的基于液滴的方法在单细胞中映射转座酶可达染色质的性能。作者应用 single cell ATAC-seq 获得了 20 多万个人类血液和基底细胞癌单细胞的染色质谱。在血液中,single cell ATAC-seq 的应用使细胞类型特异性顺式和反式调控元件的...
10x单细胞ATAC测序原理 10x单细胞ATAC测序具有通量高、捕获效率高、线粒体序列污染低等优势,它的原理和我们熟知的10x单细胞转录组测序相似,都利用了微流体系统和凝胶微珠(Gel Beads)来对单个细胞的遗传物质进行捕获。在单细胞ATAC-seq实验中,首先需要在细胞核悬液中加入Tn5转座酶进行孵育,形成片段化DNA后再进入“T...
单细胞ATAC-seq技术虽然能让我们直接观察单个细胞中染色质的开放状态,但存在两大技术难题:一是数据稀疏,二是不同细胞间测序深度差异显著。这使得研究人员难以准确区分真实的生物学信号和技术噪声。特别是在研究涉及多个因素(如细胞类型、空间位置等)的复杂系统时,如何有效整合和解读数据成为一大挑战。 为了克服现有方法的...