单细胞ATAC测序（Assay for Transposase-Accessible Chromatin using sequencing，ATAC-seq）作为一把的“分子钥匙”，正逐步揭示细胞内部那深不可测的基因调控网络。LabEx可提供 scRNA-seq/scATAC-seq服务，对同一细胞进行全基因组表观基因组分析和转录组联合分析。一、单细胞ATAC测序是什么？单细胞ATAC测序，我们首先要...
单细胞ATAC-seq(Assay for Transposase accessible chromatin with high-throughput sequencing)通过将单个细胞分离并利用DNA转座酶进行转座反应,然后对其进行测序,从而获得单个细胞的染色质开放区域的信息。这种方法可以解决细胞异质性问题,揭示不同细胞之间的染色质可及性差异和功能差异。 技术原理 单细胞ATAC-seq 技术原理...
单细胞转录组测序(scRNA-seq)是在单细胞水平上研究基因表达差异的技术,为细胞异质性研究提供了有力手段。而单细胞ATAC测序(scATAC-seq)是利用转座酶在单细胞水平上研究染色质开放性的技术,可以提供高分辨率的单细胞染色质开放图谱,有助于深入研究细胞异质性的表观遗传调控机理。它们的研究对象一个是mRNA,一个是染色...
ATAC-seq(Assay for Transposase Accessible Chromatin with high-throughput sequencing,染色质易开放区域测序)利用 Tn5 转座酶切割染色质的开放区域,并加上测序引物进行高通量测序,通过生物信息分析鉴定转录因子结合位点和核小体区域位置,从而为研究基因调控、DNA 印记等提供有效的方法。 ATAC-seq 示意图 更多内容:https...
单细胞ATAC测序能够通过检测染色质的开放程度探索顺势调控序列和基因表达调控,与单细胞转录组测序结合可以实现对每种细胞类型的基因调控网络、潜在的染色质结构和关键转录因子的探测。 左图为单细胞RNA-seq和ATAC-seq数据整合:通过整合单细胞转录组和ATAC数据,确定ATAC细胞类型注释的可靠性与一致性。
单细胞ATAC 测序(scATAC-seq)已经开始作为一种强有力的工具来测量染色体可及性(chromatin accessibility)图谱,进而从单细胞水平上研究转录因子在调控启动子、增强子、激活子等所扮演的角色。由于第一代scATAC-seq通量低、数据质量差等局限, ...
ATAC-seq(Assay for Transposase Accessible Chromatin with high-throughput sequencing),即利用Tn5转座酶,切割DNA的时候同时加入接头,再PCR扩增即可测序。 相比于ChIP-seq,ATAC-seq实验一次就可以获得某个特定时空条件下所有的开放染色质区域。而相比于DNase-seq、MNase-seq和FAIRE-seq,ATAC-seq单细胞样品需求量...
此外,与近年来被广泛应用的单细胞测序技术相结合,单细胞ATAC-seq(scATAC-seq)可以用来描绘单细胞(single cell)或单细胞核(single nucleus)尺度上的染色质开放区域,一次性获得上万个细胞的染色质开放区域图谱。由于scATAC-seq数据在单细胞...
在凝胶珠中完成DNA与mRNA的标记后,即可通过PCR扩增等方法完成转录组+ ATAC文库的构建。总的来说,两种关键的接头序列最终实现了对同一细胞中DNA和RNA的捕获。 图4 建库流程 图5 scATAC-seq+scRNA-seq的Gel Beads结构 数据分析策略 如何对scATAC-seq与scRNA-seq多组学技术数据进行分析?
1月12日,南通大学生殖医学研究院孙斐教授及其团队在《Human Molecular Genetics》期刊发表了人类精子发生过程中的单细胞ATAC测序最新进展,题为:Single cell ATAC-Seq reveals cell type-specific transcriptional regulation and unique chromatin accessibility in human spermatogenesis。