我们建议,unique mapping rate达到80%以上时认为ATAC-seq实验成功。对于哺乳动物物种,基于经验和计算估计,建议染色质开放区域检测和差异分析至少需要5000万mapped read,TF footprinting至少需要2亿。 之前我在分析Chip-seq数据时一直用的Bowtie2,后面换了物种Bowtie2的index在建立时一直报错,可能原因是我用自己的笔记本跑...
DiffBind 原理是把数据当作 RNAseq 差异表达分析,只是把 RNAseq 分析的基因修改为 peak. 每一个 consensus peak 等于一个基因。明白了这个原理甚至可以自己手动去做,先从所有样本 peakset 取得 consensus peakset. 然后 featureCount 计算每个 peak reads 数,最后输入 DESeq2 进行差异分析。 DiffBind 输入是 csv ...
echo "bowtie2 -p 2 --very-sensitive -X 2000 -x ${index} -1 ${i}_1_val_1.fq.gz -2 ${i}_2_val_2.fq.gz |samtools sort -O bam -T ${i} -@ 2 -o - > ${i}.raw.bam" done > mapping.command 这里一直报错。。。(ERR): bowtie2-align exited with value 141 搞得我满头...
一、数据下载 wget sra数据网址 #拆分 fastq-dump -- gzip -- split - files SRR 二、质控 #!/bin/sh fastp -i test_R1.fastq -I test_R2.fastq -o outtest_R1.fq.gz -O outtest_R2.fq.gz 三、比对 #!/bin/sh bowtie2-build -f genomic.fna.gz --threads 24 pig(物种名) bowtie2 -p...
#deseq2 peakAnno <- annotatePeak(files[[1]], tssRegion=c(-3000,3000), TxDb=txdb, addFlankGeneInfo=TRUE, flankDistance=3000) #也可自己对参数进行设置,也可直接使用上面这个命令 #peakAnno <- annotatePeak(files[[1]], tssRegion=c(-3000, 3000),TxDb=txdb,level = "transcript", assignGenomic...
ATAC-seq分析的第一步是预分析,主要包括三个部分:1. 测序原始数据质控;2. 序列比对(Mapping);3. 比对后处理和质控。 01 测序原始数据质控 对ATAC-seq的测序原始数据质控和序列比对的流程与其它二代测序数据标准分析流程基本相同,比如可以选择FastQC软件来可视化碱基...
与传统的MNase-seq以及DNase-seq相比,其具有可重复性强,实验步骤简单,需要的实验样本量少等优点,因而被广泛应用。ATAC-seq建库原理如下图所示: 前期准备: #conda create -n atac python=2 创建环境 #conda activate atac 激活环境 #conda install bedtools deeptools macs2 bowtie bowtie2 samtools...
fq+trim+bowtie与其他类似,这里省略 比对后需要过滤,需要摸索 mac2找peaks 计算一些指标 deeptools可视化 peaks注释 ATAC-seq 背景知识 真核生物的核DNA并不是裸露的,而是与组蛋白结合形成染色体的基本结构单位核小体,核小体再经逐步的压缩折叠最终形成染色体高级结构(如人的DNA链完整展开约2m长,经过这样的折叠就变...
本课程介绍Bioconductor中的ATACseq分析。 该课程由 2 个部分组成。这将引导您完成正常ATACseq分析工作流程的每个步骤。它涵盖比对、QC、peak calling、基因组富集测试、基序富集和差异可及性测试。 环境准备 IGV IGV 可以从BROAD网站安装。 》https://www.broadinstitute.org/igv/ ...
本课程介绍Bioconductor 中的ATACseq 分析。 该课程由 2 个部分组成。这将引导您完成正常 ATACseq 分析工作流程的每个步骤。它涵盖比对、QC、peak calling、基因组富集测试、基序富集和差异可及性测试。 环境准备 IGV IGV 可以从 BROAD 网站安装。 》 https://www.broadinstitute.org/igv/ MACS2 MACS2 没有R ...