简介 本课程[1]介绍 Bioconductor 中的 ATACseq 分析。该课程由 2 个部分组成。这将引导您完成正常 ATACseq 分析工作流程的每个步骤。它涵盖比对、QC、peak calling、基因组富集测试、基序富集和差异可及性测试。…
7797 0 05:32 App 单细胞RNA-seq分析教程【一】测序原理 1730 0 05:33 App 单细胞RNA-seq分析方法【二】质量控制 1294 0 07:37 App 单细胞ATAC-seq分析方法【一】测序原理 1528 0 02:17 App 单细胞RNA-seq分析方法【十】发育轨迹分析 679 0 04:30 App 单细胞ATAC-seq分析教程【三】数据预处理 674 ...
合并附近区域并调用峰值:将总AUC高于阈值的区域合并,并称之为峰值。 此外,Genrich还提供多重映射读取的处理选项,允许在否则无法接触到的基因组区域检测峰值,并且还提供了一种用于ATAC-seq的替代分析模式。此外,Genrich还具有去除PCR重复的功能,并计算基因组长度以用于计算背景堆叠值和q值。 该方法允许使用多个重复实验...
测试无错误,可进行下一步分析, 创建04_bowtie2_align_sambamba_markdup.sh文件,基本copy健明的就行,改改文件路径,内容如下: cd ~/project/atac/align ls ~/project/atac/clean/*_1.fq.gz > 1 ls ~/project/atac/clean/*_2.fq.gz > 2 ls ~/project/atac/clean/*_2.fq.gz |cut -d"/" -f 8...
本节介绍Bioconductor Session部分对ATACseq数据的分析: 在R 中预处理 ATACseq 数据 数据比对 为可视化创建 bigWig Session 1 Part_2 本节演示如何使用 ATACseq 数据评估可访问性的全局变化。会话部分: 在R 中注释 ATACseq 数据 绘制无核小体和单核小体信号 绘制DNA 结合蛋白周围的切割位点 Session 2 Part_3 ...
ATAC-seq分析:教程简介(1) 简介 本课程介绍Bioconductor中的ATACseq分析。 该课程由 2 个部分组成。这将引导您完成正常ATACseq分析工作流程的每个步骤。它涵盖比对、QC、peak calling、基因组富集测试、基序富集和差异可及性测试。 环境准备 IGV IGV 可以从BROAD网站安装。 》https://www.broadinstitute.org/igv/...
本课程介绍Bioconductor中的ATACseq分析。 该课程由 2 个部分组成。这将引导您完成正常ATACseq分析工作流程的每个步骤。它涵盖比对、QC、peak calling、基因组富集测试、基序富集和差异可及性测试。 环境准备 IGV IGV 可以从BROAD网站安装。 》https://www.broadinstitute.org/igv/ ...
conda create -n atac -y python=2 bwa conda info --envs source activate atac # 可以用search先进行检索 conda search trim_galore ## 保证所有的软件都是安装在 wes 这个环境下面 conda install -y sra-tools conda install -y trim-galore samtools bedtools ...