chromVAR是一个R包,用于分析单细胞或者bulk ATAC 或者DNAse-seq数据中染色质分析,作者在原文中提到这个R包通过预测染色质开放或者关闭(bam files)以及具有相同motif或者annotation的peaks(peak bed file)进而对染色质开放程度进行分析,同时这个R包也控制了技术误差。chromVAR的一个优点就是可以处理scATAC-seq数据。(但是...
最近计划做ATAC-Seq,经过一段时间的摸索,终于把完整细胞核提出来了,PCR建库做出来了,就差材料长好,处理取样建库然后测序分析。于是,想趁这段时间把分析学习一下。开始找资料,在百度上搜只找到一篇ATAC分析的推文,分析方法用的是ChIP-Seq的流程,想想ATAC-Seq和ChIP-Seq的数据其实挺相似的,只是ATAC-Seq中除了在核...
使用Cicero包进行单细胞ATAC-seq分析(一):Cicero introduction and installing 使用Cicero包进行单细胞ATAC-seq分析(二):Constructing cis-regulatory networks 在本教程中,我们将学习使用Cicero基于单细胞ATAC-seq数据进行细胞发育轨迹推断分析。 Cicero的第二个主要功能是扩展了Monocle包的功能,可以利用单细胞染色质可及性...
https://github.com/QuKunLab/ATAC-pipe/blob/master/Manual_for_ATAC-pipe.pdf 材料和方法 1. 流程和算法 ATAC-pipe是基于其他工具和软件包的,需要在Linux/MAC OS平台安装 requires Bowtie2, Picard, MACS2, HOMER, Python和R的环境,以及相关的参考基因组和DESeq R包。 比对: Bowtie2 去重: Picard peak...
ATAC-seq与转录组关联分析及结果可视化R包软件是由广州奥科生物医学科技有限公司著作的软件著作,该软件著作登记号为:2023SR1081960,属于分类,想要查询更多关于ATAC-seq与转录组关联分析及结果可视化R包软件著作的著作权信息就到天眼查官网!
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包教包会全程辅导学Meta分析和网状Meta分析医学会员免费学 best哈尔滨_ 0 0 五一跟着18篇CNS文章学单细胞多组学分析医学会员免费学 best哈尔滨_ 0 0 3用R语言做统计分析初高级班医学会员免费学 best哈尔滨_ 1 0 零代码零基础2天速成5-10分以上生信分析文章医学会员免费学 best哈尔滨_ 0 0 单细胞测序文章...
生信学霸揭秘生信分析的全流程!1. 下载数据选择数据源:常用的数据库有GEO、TCGA、ENSEMBL等。确定数据类型:根据研究需求选择适合的RNA-seq、ChIP-seq、ATAC-seq等数据类型。数据下载工具:使用SRA Toolkit、GEOquery包等工具进行数据下载。 2. 数据清洗质量控制:使用FastQC等工具对数据进行质量评估。去除低质量数据:根据...
ATAC-seq,中文名是“利用转座酶研究染色质可进入性的高通量测序技术”,现在是我在国内实验室最常用的研究手段,可以用非常少的细胞检测出细胞内染色质开放区域,并结合其他ChIP-seq结果注释其中的活性增强子区域。但是,在几年前,我美国的那个学校里,我是第一个做ATAC-seq的人。我购置了所有建库的试剂,在摸索了细胞...
2,系统学生信,一次学到位,包教包会。 3,二个月从零基础开始,精细化讲解 将生信内容全部学懂(理解)、学会(会敲代码分析)、学透彻(站在顶层设计角度理解)、学以致用(用到自己的标书申请和文章发表中) ② 授课老师 华哥:中山大学博士 指导过多篇CNS文章生信分析 参与多项国自然重点、国家重大专项、孔雀计划等...