现在我们已经设置了 ScanBamParam 对象,我们可以使用 readGAlignmentPairs() 函数以类似于我们使用 readGAlignments() 函数读取单端 ChIP-seq 数据的方式读取我们的双端 ATACseq 数据。结果是一个 GAlignmentPairs 对象。 atacReads <- readGAlignmentPairs(sortedBAM, param = myParam) class(atacReads) 2. GAlignmen...
vp <- vPlot(shiftedBamfile, pfm=CTCF[[1]], genome=genome, min.score="90%", seqlev=seqlev, upstream=200, downstream=200, ylim=c(30, 250), bandwidth=c(2, 1))distanceDyad(vp, pch=20, cex=.5) 注释 Annotation ATAC-seq的注释与ChIP-seq别无二致,所以之后的分析可以全文参考第四章。
与组织学结果一致,基于基因表达(RNA-seq)和染色质可及性(ATAC-seq)数据的PCA显示,皮质和髓质样本之间有明显的分离(图2b)。使用KPMP肾脏组织图谱中的snRNA-seq数据作为参考,作者使用BisqueRNA对大量RNA-seq数据中不同肾细胞类型的估计丰度进行了去卷积(图2c)。与预期的一样,在皮质样本中有更大比例的近端小管细胞...
第一个数据集来自原始ATACseq 论文。我们将使用ATACseq_50k_Rep2示例GEO - GSM1155958可以从ENA以FASTQ格式获取数据。 SAMN02192806 - [here](https://www.ebi.ac.uk/ena/data/view/SAMN02192806“SAMN02192806”) 4.2. data_2 对于第二个数据集,我们将UCSD的Bing Ren生成的ATACseq作为ENCODE联盟的一部分。
(一)利用IGV同时查看Chip-seq和ATAC-seq的结果 拿到所有CHIP-seq和ATAC-seq的bw文件,可以在IGV里将这些文件一起导入,然后搜索基因cdc25b,查看基因附近的峰的情况: 文献原图 我做的图 上面两个文件是Chip-seq的峰图(红色,粉色),下面5个是ATAC-seq的峰。可以看出smad2/3在两个基因之间有一个结合的峰(红色),...
第五讲——ATAC-seq和CUT&Tag原理与分析, 视频播放量 3723、弹幕量 3、点赞数 35、投硬币枚数 27、收藏人数 179、转发人数 34, 视频作者 菲沙基因, 作者简介 以生物信息学助推生命科学的研究,以基因组医学促进人类健康的发展;,相关视频:第三讲——ATAC-Seq原理与分析,
对这些基因进行GO功能分析,发现幼苗特异性基因主要与光合作用有关,而根特异性基因主要与环境应激有关,这与不同组织的主要功能一致。同时为了探究FANS-ATAC-seq是否也可以用来检测TF-binding位点,研究者比较了已发表的7个转录因子的ChIP-seq数据与FANS-ATAC-seq结果,结果显示大部分的ChIP-seq peak与可接近区域相关。
对于ATAC-seq测序结果的fastq文件，与其它测序结果类似，经过fastqc进行序列质量分析、去杂、去除接头、比对、去除重复后，我们得到bam文件。接下来的工作分为两个问题：一是开放区域，二是核小体位置。对于大多数分析研究，人们只对开放区域感兴趣，因为这些区域可能是启动子或增强子区域。核小体位置问题的...
面板单位根检验的结果有两种:面板数据平稳和(部分)面板数据不平稳。如果各变量都是平稳的,那么可以直接进行之后的程序,但是如果全部或部分变量不平稳,这个时候我们就需要进行面板协整分析,来考察变量间是否存在长期均衡关系。如果通过了协整检验,说明变量之间存在着长期稳定的均衡关系,其方程回归残差是平稳的,因此可以在此...