通过整合ATAC-seq和RNA-seq数据分析,共筛选出1395个DEG(图3b)。在RNA-seq和ATAC-seq联合分析结果中,具有开放-DACR介导的上调和封闭-DACR中介的下调关系的基因被标记为红色。其中,349个开放-DACR介导的下调相关基因和126个封闭-DACR中介的下调相关基因被鉴定。通过整合RNA-seq和ATAC-seq分析获得的这些基因可能在RSV感...
今天给大家介绍由新南威尔士州悉尼大学数学与统计学院Yingxin Lin等人在《bioRxiv预印本》上发表了一篇名为“scJoint: transfer learning for data integration of single-cell RNA-seq and ATAC-seq”的文章。文中提出了一种整合scRNA-seq和scATAC-seq数据的异构集合的转移学习方法(scJoint)。scJoint使用一个神经网...
最近,研究人员采用scRNA-seq技术对成人骨髓和胎儿肝脏造血进行分析研究,发现HSCs和多能祖细胞(MPP)的亚群具有协同表达的标记基因;此外,成人骨髓表型HSPCs的scATAC-seq数据表明表型MPPs在染色质可及性方面存在差异。然而HSCs潜在的命运决定机制目...
目前尚无人类胚胎HSPCs的染色质可及性图谱,研究者基于基因体可及性绘制细胞图谱来整合scRNA-seq和scATAC-seq数据。首先使用6种丰富的细胞类型对scRNA-seq实验中筛选出的CD34+ CD38- 细胞进行分类,结果显示scATAC-seq数据集中指定细胞类型的频率与scRNA-seq数据中的频率高度一致,这表明染色质可及性和转录组具有相关性。
最后是RNA-seq和ATAC-seq数据整合分析 首先ATAC-seq数据差异分析拿到的 differentially accessible (DA) peaks 可以去对应到基因组的基因,然后RNA-seq数据通常就有差异表达基因,两个基因集就可以取交集,做韦恩图:可以看到,这个图里面并没有秀全部的基因,仅仅是差异的那些,RNA-seq和ATAC-seq数据各自的差异都有自己的...
研究人员采用 scRNA-seq 技术对成人骨髓和胎儿肝脏造血进行分析研究,发现 HSCs 和多能祖细胞(MPP)的亚群具有协同表达的标记基因;此外,成人骨髓表型 HSPCs 的 scATAC-seq 数据表明表型 MPPs 在染色质可及性方面存在差异。然而 HSCs 潜在的命运决定机制目前仍尚不清楚。
最后是RNA-seq和ATAC-seq数据整合分析 首先ATAC-seq数据差异分析拿到的 differentially accessible (DA) peaks 可以去对应到基因组的基因,然后RNA-seq数据通常就有差异表达基因,两个基因集就可以取交集,做韦恩图: 韦恩图和散点图 可以看到,这个图里面并没有秀全部的基因,仅仅是差异的那些,RNA-seq和ATAC-seq数据各...
最后是RNA-seq和ATAC-seq数据整合分析 首先ATAC-seq数据差异分析拿到的 differentially accessible (DA) peaks 可以去对应到基因组的基因,然后RNA-seq数据通常就有差异表达基因,两个基因集就可以取交集,做韦恩图: 可以看到,这个图里面并没有秀全部的基因,仅仅是差异的那些,RNA-seq和ATAC-seq数据各自的差异都有自己...
最后是RNA-seq和ATAC-seq数据整合分析 首先ATAC-seq数据差异分析拿到的 differentially accessible (DA) peaks 可以去对应到基因组的基因,然后RNA-seq数据通常就有差异表达基因,两个基因集就可以取交集,做韦恩图: 韦恩图和散点图 可以看到,这个图里面并没有秀全部的基因,仅仅是差异的那些,RNA-seq和ATAC-seq数据各...
ATAC-seq (Assay for Transposase-Accessible Chromatin withhigh throughput sequencing)是由斯坦福大学William J.Greenleaf和Howard Y. Chang实验室开发的用于研究染色质开放性(可及性)的方法,原理是通过Tn5转座酶切割暴露的DNA并同时连接上特异性的adapters,然后连接上adapters的DNA片段被分离出来用于二代测序。