数据下载地址: https://gdc.cancer.gov/about-data/publications/ATACseq-AWG 我们从TCGA官网下载ATAC-seq数据,下载界面如下。我们可以选择红色部分,可以下载raw count,也可以下载normalize count。下载了数据的话,我们就可以得到每个肿瘤的ATAC数据矩阵。原始数据下载比较麻烦,需要申请,而且分析也比较麻烦,需要Linux系统,...
一、数据下载 wget sra数据网址 #拆分 fastq-dump -- gzip -- split - files SRR 二、质控 #!/bin/sh fastp -i test_R1.fastq -I test_R2.fastq -o outtest_R1.fq.gz -O outtest_R2.fq.gz 三、比对 #!/bin/sh bowtie2-build -f genomic.fna.gz --threads 24 pig(物种名) bowtie2 -p...
从GDC下载ATAC-seq癌症特异性高峰并导入R.之后,进行食管腺癌(ESAD)与食管鳞状细胞癌(ESCC)的分析,并将结果可视化为火山图和热图。 1.3目标和目的 下载并理解ATAC-seq数据 比较两组不同的样本ATAC-seq数据 3 导入R包 # to read txt files library(readr) # to transform data into GenomicRanges library(GenomicR...
随着高通量测序技术的进步,已经开发了各种方法来研究染色质可及性(染色质开放状态,开放或者不开放),如ATAC-seq、DNase-seq和FAIRE-seq。自从2013以来,ATAC-seq 成为最普遍的方法,主要原因是由于ATAC-seq技术操作较为简单省时,并且其敏感性和特异性与DNase-seq相当,但优于FAIRE-seq,而且该技术需要的细胞量较少(图...
代码里面提到的软件,都是根据我们对ATAC-seq搜索学习总结的。 值得一提的是自己为了ATAC-seq建立的软件环境可以很方便移植到另外一台电脑! 首先通过activate target_env要分享的环境target_env,然后输入下面的命令会在当前工作目录下生成一个environment.yml文件, ...
代码里面提到的软件,都是根据我们对ATAC-seq搜索学习总结的。 值得一提的是自己为了ATAC-seq建立的软件环境可以很方便移植到另外一台电脑! 首先通过activate target_env要分享的环境target_env,然后输入下面的命令会在当前工作目录下生成一个environment.yml文件, ...
ATAC-SEQ实战演练的素材 链接:https://share.weiyun.com/5rYmPT1密码:dr3ub6 包括一些公司PPT,综述以及文献。测试数据下载方式也是在里面了。 ATAC-SEQ 实战演练的思维导图:文档链接:https://mubu.com/doc/2DG1mC2kdg密码:rf2n 学徒学习笔记:https://mp.weixin.qq.com/s/7wNRrpkqcuQmJ7ASlpytqw ...
之前我在分析Chip-seq数据时一直用的Bowtie2,后面换了物种Bowtie2的index在建立时一直报错,可能原因是我用自己的笔记本跑数据,内存不够用,加之我的reads长度只有三四十,所以转用BWA来进行mapping分析! 代码语言:javascript 复制 #一些推文表示Bwa-MEM和bowtie2的比对结果差不多 ...
ATAC-seq实操 本实操完全学习了:给学徒的ATAC-seq数据实战(附上收费视频) 的代码及流程,首先致谢! | 数据来源的文章: The landscape of accessible chromatin in mammalian preimplantation embryos. Nature 2016 Jun 30;534(7609):652-7. PMID: 27309802...
不好意思，这不存在的，因为ATAC-Seq只是找到了全基因组范围的开放区域，而这些开放区域的产生未必是转录因子引起，所以需要一些预测性工作。 数据来源 质量控制前后都需要可视化，肯定是fastqc+multiqc 缠绕核小体 DNA 约 147bp 与相邻核小体连接的 DNA 约 20-90bp. 加上测序接头等约 135bp ...