图4:在NCBI的GEO数据库内检索“GSE101940”数据集 在我们进入检索到的页面后,我们拉到页面的最下面,就会看到“GSE101940”数据集包含的样本,我们这里用stem的三个重复样本来开始此次的ATAC-seq的分析教程(图5)。 图5:“GSE101940”数据集的基本信息 我们按照图5点击之后,我们就可以得到我们需要下载样本的SRA号码...
ATAC-seq分析实操生信技能树健明教程热衷组培的二货潜 ATAC-seq实战教程:从SRA数据下载到高分辨率论文主图绘制徐寅生 IDR评估FRiP评估及查看peaks在全基因组上的分布生信技能树 声明:本篇多为资料整理总结,仅用于自学记录,侵删,谢谢各位大佬。参考: https://www.jianshu.com/p/b272c846ef28xuzhougeng https://mp...
mkdir {sra,raw,clean,align,peaks,motif,qc} cdraw 取决于个人习惯。 实战数据准备 参考:使用ebi数据库直接下载fastq测序数据, 需要自行配置好,然后去EBI里面搜索到的 fq.txt 路径文件: 项目地址是 #一次性下载所有的 fastq.gz样本 dsa=$HOME/miniconda3/envs/download/etc/asperaweb_id_dsa.openssh ls -lh...