ATAC-seq生信分析方法综述:【文章原文】【中文解读1】【中文解读2】 ATAC-seq基础原理一文了解:【一文了解ATAC-seq】一、基础知识1. 解密表观遗传学的三个方向与测序方法1. 探索染色质的开放性(chromatin accessibility) ATAC-seq: Assay of Transposase Accessible Chromatin sequencing DNase-seq: DNase I hypersensi...
• 高级分析(Advance analysis)包括 Peak、motif、footprint、nucleosome 分析。 • 多组学整合包括与 ChIP-seq、RNA-seq 数据的整合以及调控网络的重建。 每个框中的文本强调了每个分析步骤中的重要注意事项。本文建议研究人员使用 FastQC、trimmomatic 以及 BWA-MEM 进行预处理、MACS2 进行 Peak calling、csaw 进行...
高级分析包括peak,motif,footprint和核小体分析。多组学数据集成包括与ChIP-seq和RNA-seq数据整合以及调控网络重建。每个框中的文本强调每个分析步骤中的重要注意事项。我们建议研究人员用FastQC,trimmomatic和BWA-MEM进行预分析,用MACS2进行peak calling,用csaw进行peak差异分析,用ChIPseeker进行注释和可视化,用MEME系列进行...
2、Peak-calling:也就是从比对得到BAM文件中找出reads的覆盖区,也就是那个峰出现的位置。 3、高级分析 (1)peak差异分析:寻找不同分组之间的差异peaks (2)peak注释:峰的注释可将染色质的可及性与基因调控联系起来。通常,峰会被注释到最接近的基因或调控元件。获得最接近的基因之类的基因列表后,还可以使用GO,KEGG...
在疾病和肿瘤异质性研究中，它分析了疾病和肿瘤中细胞的染色质可及性变化、不同克隆细胞的异质性。单细胞ATAC-seq的使用在药物筛选和基因调控网络研究方面也显现出其优势。它研究了药物对细胞染色质可及性的影响，帮助发现新的治疗靶点和药物。单细胞ATAC-seq技术拥有多个优势。首先，它使用更先进的平台...
比较Cicero预测与其他数据集的关联性，使用compare_connections函数进行分析，有助于深入理解基因组调控机制。通过find_ccans函数，Cicero识别可及性网络，提供基因活性评分，便于识别具有高可及性的基因区域。高级可视化功能允许自定义参数，如点位、颜色、透明度等，展示数据的多样性和复杂性。Cicero在Monocle 3...
ATAC-seq 分析流程 （from Novogene）与其他常用技术的比较：ChIP-seq：直接检测与转录因子结合的DNA序列...
单细胞ATAC-seq数据分析的难点在于数据本身。第一,细胞整体的染色质开放位点数有几十万之多,造成所谓的“维度灾难”。另外,由于生物的原因许多潜在的开放没有信号,数据异常稀疏,技术限制带来的数据丢失极大程度上加剧了这种现象。特别的,在二倍体基因组上一个开放区域一般至多只有两个拷贝,使得数据近乎二值化。这些...
ATAC-seq高级分析 ATAC-seq的主要功能是揭示转录调控的各个方面,其第三步分析要在4种水平对结果进行分析和解释:1. Peak注释和差异Peak分析;2. Motif分析;3. 核小体占位分析;4. 转录因子足迹分析。 Peak注释和差异Peak分析 一般情况下,软件会关联Peak与其最近的基因或者调控元件来进行Peak注释,HOMER、ChIPseeker和...
在介绍ATAC-seq之前，不得不提的就是染色质可及性的概念。大家知道，真核生物的DNA会与组蛋白结合形成核小体，核小体进一步压缩折叠形成具有高级结构的染色体，染色体的高级结构在细胞周期的不同的时期压缩折叠程度不同，间期比较松散，此时的状态被称为染色质，用于和中期高度压缩的染色体进行区分。研究者...