https://gdc.cancer.gov/about-data/publications/ATACseq-AWG 我们从TCGA官网下载ATAC-seq数据,下载界面如下。我们可以选择红色部分,可以下载raw count,也可以下载normalize count。下载了数据的话,我们就可以得到每个肿瘤的ATAC数据矩阵。原始数据下载比较麻烦,需要申请,而且分析也比较麻
TCGA数据库ATAC-seq挖掘代码分享 --生信自学网光俊 首先,我们从TCGA官网下载ATAC-seq数据,下载界面如下。我们可以选择红色部分,可以下载raw count,也可以下载normalize count。下载了数据的话,我们就可以得到每个肿瘤的ATAC数据矩阵。 1.1. 下载好后,我们就可以画覆盖度图了,使用的包是karyoploteR,需要详细介绍,大家...
TCGA数据库ATAC-seq挖掘视频(染色质开放性/peak/motif/调控因子) 课程主要内容包括: TCGA数据库ATAC-seq简介 ATAC数据下载
通过对410个肿瘤样本的23种肿瘤类型(其中386个样本有技术重复)进行ATAC-seq分析,共绘制出796个染色质可及性图谱,鉴定到562,709个调控元件,即ATAC-seq数据分析中对peaks数目统计,共有562,709个可重复、转座酶可接近的染色质可及性位点。其中562,709peaks是总的数目,实际每种癌症类型的peaks数目从 56,125 到215,...
我们常说以史为鉴,用过去看昭示自己,又常说站在巨人的肩膀上看世界,用前人做好的铺垫完成我们要完成的事业,这门TCGA数据库ATAC-seq挖掘课程也是如此,站在老师的肩膀上去学东西,我们能走得更快更稳些。 另外也给大家推荐一些我经常学习的内容: TARGET数据库挖掘视频(儿童肿瘤) ...
GoldCLIP-seq整体服务 传统的CLIP方需要利用进行放射性同位素标记示踪以及胶纯化回收RNA文库,实验步骤较为复杂,严重限制了该方法的普及应用。通过技术革新,表观生物隆重推出最新的GoldCLIP-seq(Gel-omitted and ligation-dependent CLIP-seq)技术服务。 技术应用 ...
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生信学霸揭秘生信分析的全流程!1. 下载数据选择数据源:常用的数据库有GEO、TCGA、ENSEMBL等。确定数据类型:根据研究需求选择适合的RNA-seq、ChIP-seq、ATAC-seq等数据类型。数据下载工具:使用SRA To - 科研生信SCI于20240722发布在抖音,已经收获了1363个喜欢,来抖
首先,我们从TCGA官网下载ATAC-seq数据,下载界面如下。我们可以选择红色部分,可以下载raw count,也可以下载normalize count。下载了数据的话,我们就可以得到每个肿瘤的ATAC数据矩阵。 1. 下载好后,我们就可以画覆盖度图了,使用的包是karyoploteR,需要详细介绍,大家可以看看生信自学网的另外一个帖子”线性基因组可视化神...
2019年1月份第4周(总第52周)TCGA计划的ATAC-seq数据发布 2019年2月份第1周(总第53周)胃癌类器官 2019年2月份第2周(总第54周)测173个成年人的大脑的102个基因 2019年2月份第3周(总第55周)2.5万汉族人的GWAS乳腺癌风险基因 因为学业需要,我阅读的大量文献都是NGS组学相关,所以会涉及到很多数据处理,而这些...