数据下载地址: https://gdc.cancer.gov/about-data/publications/ATACseq-AWG 我们从TCGA官网下载ATAC-seq数据,下载界面如下。我们可以选择红色部分,可以下载raw count,也可以下载normalize count。下载了数据的话,我们就可以得到每个肿瘤的ATAC数据矩阵。原始数据下载比较麻烦,需要申请,
通过对410个肿瘤样本的23种肿瘤类型(其中386个样本有技术重复)进行ATAC-seq分析,共绘制出796个染色质可及性图谱,鉴定到562,709个调控元件,即ATAC-seq数据分析中对peaks数目统计,共有562,709个可重复、转座酶可接近的染色质可及性位点。其中562,709peaks是总的数目,实际每种癌症类型的peaks数目从 56,125 到215,...
表观遗传分析：结合ChIP-seq数据，进一步研究表观遗传调控的内在机制。ENCODE计划致力于全面揭示人类基因组中的功能性元件。该数据库汇集了丰富的转录组信息、表观遗传学数据（例如ChIP-seq和ATAC-seq实验结果），以及多种其他组学领域的资料。ENCODE数据库已成为探索基因调控精密网络的重要信息资源。数据获取与使用：ENCOD...
整合ATAC-seq与TCGA其他的多组学数据,鉴定肿瘤特异的DNA调控元件 通过TF足迹分析找到了关键的TF, 然后通过预测TF和DNA的相互作用模式以及基因的表达识别不同的TF活性; 基因表达和染色质可及性的关联分析预测到大量远端增强子与启动子间的相互作用,包括一些重要的致癌基因和肿瘤免疫治疗的靶点,如MYC,SRC, BCL2和PDL1,...
TCGA数据库ATAC-seq挖掘代码分享 --生信自学网光俊 首先,我们从TCGA官网下载ATAC-seq数据,下载界面如下。我们可以选择红色部分,可以下载raw count,也可以下载normalize count。下载了数据的话,我们就可以得到每个肿瘤的ATAC数据矩阵。 1.1. 下载好后,我们就可以画覆盖度图了,使用的包是karyoploteR,需要详细介绍,大家...
ATAC-seq (Assay of Transposase Accessible Chromatin with High-throughput sequencing),即染色质开放性检测,利用转座酶研究染色质可进入性的高通量测序技术。 技术应用 对于未知表观遗传是否在细胞系统的应答发挥作用的情况,或者不清楚哪种组蛋白修饰、转录因子是最重要的,或者细胞数量很少的情况前提下,ATAC-seq是比Ch...
TCGA数据库ATAC-seq挖掘 TCGA甲基化驱动基因高级课程 TARGET数据库挖掘之ceRNA GEO分析高级教程多芯片联合分析(生信自学网) COX模型验证如何分train组和test组 COSMIC数据库癌症分析 CGGA数据库挖掘(仅限胶质瘤研究) ArrayExpress数据库挖掘 希望大家好好学习,一起进步!
去TCGA看表型，来CistromeCancer挖机制RNA-seq和ChIP-seq的完。。。⼩丫改进了讲解⽅式，先铺垫背景，提出问题，然后讲解决⽅案，最后举出实际应⽤案例。看效果，求反馈。从基础研究⼈员到临床医⽣，TCGA，⽆⼈不知⽆⼈不晓。没听说过TCGA？你⼀定错过了这些：《TCGA教程⼤合集：不会编程是...
☞零代码合并新版TCGA数据库RNAseq表达谱数据 最近小编在基于合并的表达谱数据做下游分析的时候,发现了一个很诡异的事情。想把合并的表达矩阵再读到R里面,得到了一个error 代码语言: 运行次数:0 count=read.table("RNAseq_STARcounts.txt",header=T,sep="\t",row.names=1) ...
看一下数据,发现就是表达量加上time,event两列,所以记住这规律,最终批量的时候需要减掉这两列 mark 开始做生存分析 library(survival) library(survminer) 对需要做生存分析的样本分组,把连续变量变成分类变量,这里选择测试的基因是GATA3 group<>ifelse(esprSet$GATA3>median(esprSet$GATA3),'high','low') ...