为了促进样品间归一化,所有RNA-Seq读数在分析过程中都被视为unstranded的状态. 二、数据处理步骤 1. RNA-Seq 比对流程 以Alignment Workflow 开始比对的流程, 该流程使用STAR 中重复比对方法执行. STAR 分别比对每个 read group 然后将得到的比对文件合并为一个。按照国际癌症基因组协会 I
为了便于在用户创建的管道中使用协调数据,可以在GDC数据门户中的几个中间步骤中访问RNA-Seq基因表达。以下是可在GDC Data Portal中下载的每种文件类型的说明。 参开资料: 1.https://docs.gdc.cancer.gov/Data/Bioinformatics_Pipelines/Expression_mRNA_Pipeline/ TCGA mRNA数据分析流程mp.weixin.qq.com/s?__bi...
【2024版数据分析】全B站最用心的Python(数据分析)教程,整整500集,7天从入门到项目实战,学完即可做项目,少走99%的弯路,学数据分析看这套就够了! 178 -- 5:32 App 【TCGA数据挖掘】(9) 生存分析 137 -- 2:25 App 【TCGA数据挖掘】(5) 2024年TCGA数据改版:RNA-seq临床数据的下载 68 -- 4:45 App ...
Non-stranded RNA-Seq与Stranded RNA-seq的建库方法有所不同,有文献(DOI: 10.1186/s12864-015-1876-7)分析认为Stranded RNA-seq 得到的mRNA数据更为准确。 但是,对于大多数的分析来说,Non-stranded RNA-Seq数据用于常规分析已经足够(https://web.azenta.com/stranded-vs-non-stranded-rna-seq)。 Stranded RNA-...
TCGA大作战——初步分析RNA-seq数据01 本篇为第一部分,主要记录重要资源地址以及TCGA数据的下载方式。名词及资源TCGA (The Cancer Genome Atlas):人类癌症基因组图谱,数据库,主要用来收集癌症病人癌组织及癌旁正常组织标本以及极少量正常人相应组织的对照标本(并非每种癌都有),通过多种高通量方法,获取DNA、RNA乃至...
1.TCGA RNA-seq数据更新情况 2022年3月29日,GDC官网(https://portal.gdc.cancer.gov/)发布了新的更新版本(Data Release 32.0)数据。此次数据更新范围广、变化大,导致许多网上的教程一夜之间不再直接可用。 具体的更新情况,在官网页面(https://docs.gdc.cancer.go...
TCGA的乳腺癌RNA-seq数据WGCNA分析示例 WGCNA(WeightedCorrelationNetworkanalyi)是一个基于基因表达数据,构建基因共表达网络的方法。WGCNA和差异基因分析(DEG)的差异在于DEG主要分析样本和样本之间的差异,而WGCNA主要分析的是基因和基因之间的关系。WGCNA通过分析基因之间的关联关系,将基因区分为多个模块。而最后通过这些...
最近发现,TCGA的RNAseq数据好像更新了。应该就是在2022年4月初这几天发生的事情。我们来看看具体有那些差别。我们还是以CHOL这套数据为例,来讲解一下如何下载和处理新版TCGA中的RNAseq数据。miRNA的数据并没有变化。 1.打开TCGA官网https://portal.gdc.cancer.gov/。在搜索框输入chol,选择第一个PR(project),TCGA...
1.TCGA RNA-seq数据更新情况 2022年3月29日,GDC官网(https://portal.gdc.cancer.gov/)发布了新的更新版本(Data Release 32.0)数据。此次数据更新范围广、变化大,导致许多网上的教程一夜之间不再直接可用。 具体的更新情况,在官网页面(https://docs.gdc.cancer.gov/Data/Release_Notes/Data_Release_Notes/)有详...
1、TCGA 大作战初步分析 RNA-seq 数据 01本篇为第一部分, 主要记录重要资源地址以及 TCGA 数 据的下载方式。名词及资源 TCGA (The Cancer Genome Atlas) :人类癌症基因组图谱, 数据库, 主要用来收集癌症病 人癌组织及癌旁正常组织标本以及极少量正常人相应组织 的对照标本(并非每种癌都有) ,通过多种高通量方...