RPM适合于产生的read读数不受基因长度影响的测序方法,比如miRNA-seq测序,miRNA的长度一般在20-24个碱基之间。 计数结果的差异的影响因素:落在参考区域上下限的read是否需要被统计,按照什么样的标准进行统计。 FPKM/RPKM FPKM和FPKM-UQ的区别,这个可以查看GDC的官方说明文档中的转录组分析部分,两者的计算公式: RCg: ...
miRNA的数据并没有变化。 1.打开TCGA官网https://portal.gdc.cancer.gov/。在搜索框输入chol,选择第一个PR(project),TCGA-CHOL 2.在跳转的页面中,点击RNA-Seq后面的数字 3. 在新打开的页面中,点击左上角的Files 4.接下来就是不一样的地方了,可以看到在workflow type里面没有HTSeq-Counts了,取而代之的是S...
有了这样的RNA-seq数据分析神器,分析不求人 作者:白介素2 这是最好的时代,这也是最坏的时代; 这是一个高通量技术蓬勃发展的时代,这也是小实验没钱做不起的时代 这是一个海量高通量数据累积共享的时代,这也是医生不会分析数据的时… 医科研发表于临床科研干... NetworkAnalyst:一个逆天的RNA-seq数据挖掘神器...
RNA测序(RNA-Seq)技术能够捕获基因表达的全貌,而不仅仅是基因本身的存在或突变。通过RNA数据,研究人员可以深入了解基因在不同肿瘤类型中的表达差异,并找到与肿瘤发生和发展相关的关键基因。此外,RNA-Seq数据还可以揭示基因融合事件、可变剪接形式和表达水平的改变,这些信息对于理解癌症的复杂生物学机制至关重要。借助这些...
TCGA数据库为什么是RNA,主要的原因有:1、RNA的表达量可以直接反映基因的活性;2、RNA-seq技术可以全面、精确的检测基因表达;3、RNA-seq数据可以用于发现新的转录本和可变剪接事件;4、RNA-seq数据可以用来分析非编码RNA和微小RNA,这些非编码RNA在癌症中起着重要的作用。其中,RNA的表达量可以直接反映基因的活性这一点...
> ##加载数据,数据对象是一个数据框,变量名称是:expDataTPM> load("processedTCGAdata/TCGA-RNASeq-TPM/TCGA-ACC_RNASeq_TPM.RData")> head(expDataTPM)[,1:3]TCGA-OR-A5JJ-01A-11R-A29S-07 TCGA-OR-A5LT-01A-11R-A29S-07 TCGA-OR-A5LH-01A-11R-A29S-07TSPAN6 57.83159172 64.883481 13.1920...
方法:第一步,从TCGA(TheCancerGenomeAtlas,TCGA)数据库中下载375例胃腺癌组织和32例癌旁组织的RNA-seq数据(HTseq-RNACounts)及胃癌患者相关临床信息,并分别提取相关的LincRNA和mRNA。第二步,使用R语言/Bioconductor的edgeR包分别筛选出差异表达的LincRNA、mRNA。第三步,使用加权基因共表达网络分析(WGCNA)方法对数据...
目的:通过分析癌症基因组图谱(the cancer genome atlas,TCGA)数据库中乳腺癌和癌旁组织的lncRNA,研究lncRNA对乳腺癌发生发展的影响.方法:从TCGA数据库中下载乳腺癌lncRNA表达RNAseq数据,对乳腺癌患者的ln-cRNA进行差异表达分析,对得出的差异表达lncRNA进一步行生存分析,得到与乳腺癌有明显差异表达同时也对生存有相关...
TCGA数据库:GDCRNATools包下载数据、处理数据以及差异分析 视频讲解已经在上面啦,代码的话在下面,所以付费纯属自愿!
基于TCGA 和GEO 数据库的转录组数据，筛选GC 中差异表达的lncRNAs ，并构建基于6条lncRNAs （HAGLROS 、TMEM92AS1、LINC01745、HOXCAS3、SEMA3BAS1、FEZF1AS1）的lncRNAmiRNAmRNA 网络。网络核心基因的KEGG/GO 富集和蛋白质互作分析结果显示，lncRNA 可能通过miRNA 海绵吸附作用，调控胃癌的...