2. 更新后的TCGA RNA-seq数据的下载与读取 数据更新后,一些既往常用的数据下载和读取方法有所变化,本着“喂(bu)饭(yan)到(qi)口(fan)”的分享精神,此次我们重点介绍2种主要的数据下载和读取方法供大家享用。 2.1应用R包TCGAbiolinks下载和读取TCGA RNA-seq数据 TCGAbiolinks是一个常用的强大的检索、下载和预处理...
UCSC Xena是由加州大学圣克鲁兹分校(University Of Cingifornia Sisha Cruz,UCSC)维护的数据库,前身是癌症基因组浏览器Cancer Browser ,虽然其目前已经不再更新,但其中的RNA-Seq数据仍然具有潜在价值,可供我们进行生信分析。 ⏩此节就让我们一起来学习一下如何从UCSC Xena下载转录组数据。 一、从UCEC数据库提取并下...
TCGA_LIHC_sample_info=as.data.frame(TCGA_LIHC_sample_info_list[1:10]) #获得基因信息数据 TCGA_LIHC_gene_info=as.data.frame(rowRanges(TCGA_LIHC_gene_data)) ### 获得表达数据 ,注意这里表达数据有6种,可以根据i参数指定: # unstranded stranded_first stranded_second tpm_unstrand fpkm_unstrand f...
Non-stranded RNA-Seq与Stranded RNA-seq的建库方法有所不同,有文献(DOI: 10.1186/s12864-015-1876-7)分析认为Stranded RNA-seq 得到的mRNA数据更为准确。 但是,对于大多数的分析来说,Non-stranded RNA-Seq数据用于常规分析已经足够(https://web.azenta.com/stran...
1.2.1 R包TCGAbiolinks下载TCGA RNA-seq数据 使用TCGAbiolinks处理数据,常规需要3步走,分别是检索、下载和读取数据,依次对应以下3个函数 GDCquery、GDCdownload 和 GDCprepare 。 检索需要下载的数据 GDCquery可以通过多个参数检索限定需要下载的数据,各参数的详细说明可参阅帮助文档。此处,以样本量较少的ACC数据集为例。
今天和同学们分享TCGA RNA-seq转录组学据下载.代码如下. 设置环境安装加载包 ###下载TCGARNA-seq数据 ###setwd("/home/bio_bomb/")###设置路径getwd()###查看路径 BiocManager::install("export")###安装包 BiocManager::install("BioinformaticsFMRP/TCGAbiolinksGUI.data")###安装包 ###加载包library(TCGAb...
往期TCGA相关内容: TCGA专题视频 | TCGA数据库中癌症名称缩写 | TCGAbiolinks获取癌症临床信息 | 玩转TCGA临床信息 | R基于TCGA数据画生存曲线 | 发布于 2021-02-21 20:53· 5631 次播放 赞同82 条评论 分享收藏喜欢 举报
一、确定肿瘤代码 TCGA涵盖30多种癌症,9000多个病人,数据库里的癌症名称是缩写的... 基因组学研究生阅读 842评论 1赞 0 如何从TCGA数据库下载DNA甲基化数据 前面给大家介绍了新版的TCGA数据库,通过文字和视频给大家讲解了如何从TCGA数据库下载RNAseq数据,miRN... 生信交流平台阅读 1,086评论 0赞 3 下载TCGA ...
2.在跳转的页面中，点击RNA-Seq后面的数字 3. 在新打开的页面中，点击左上角的Files 4.接下来就是...
原来TCGA数据库的下载,使用TCGAbiolinks包是否还可以处理数据,我还没有试,但下载数据应该是没有问题的。 当然,为了方便,我也将2个函数封装成了一个函数: getTCGA_RNAseq_data=function(dataPath,json,data_type){###从json文件获取信息 metadata_json<-rjson::fromJSON(file=json)json_info<-do.call(rbind,lap...