Non-stranded RNA-Seq与Stranded RNA-seq的建库方法有所不同,有文献(DOI: 10.1186/s12864-015-1876-7)分析认为Stranded RNA-seq 得到的mRNA数据更为准确。 但是,对于大多数的分析来说,Non-stranded RNA-Seq数据用于常规分析已经足够(https://web.azenta.com/stranded-vs-non-stranded-rna-seq)。 Stranded RNA-...
GDCdownload(query = query,directory = "TCGA-LIHC",files.per.chunk=20, method='api') # 保存整理下载数据结果 TCGA_LIHC_gene_data <- GDCprepare(query = query,directory = "TCGA-LIHC" ) #获得样本数据信息 TCGA_LIHC_sample_info_list=colData(TCGA_LIHC_gene_data)@listData TCGA_LIHC_sample_info...
cat("Total TCGA-LIHC_NT samples to down:", length(TCGA_LIHC_dataSampleNT)) #下载数据 GDCdownload(query = query,directory = "TCGA-LIHC",files.per.chunk=20, method='api') # 保存整理下载数据结果 TCGA_LIHC_gene_data <- GDCprepare(query = query,directory = "TCGA-LIHC" ) #获得样本数据信...
Non-stranded RNA-Seq与Stranded RNA-seq的建库方法有所不同,有文献(DOI: 10.1186/s12864-015-1876-7)分析认为Stranded RNA-seq 得到的mRNA数据更为准确。 但是,对于大多数的分析来说,Non-stranded RNA-Seq数据用于常规分析已经足够(https://web.azenta.com/stranded-vs-non-stranded-rna-seq)。 Stranded RNA-...
1.2.1 R包TCGAbiolinks下载TCGA RNA-seq数据 使用TCGAbiolinks处理数据,常规需要3步走,分别是检索、下载和读取数据,依次对应以下3个函数 GDCquery()、GDCdownload() 和 GDCprepare() 。 检索需要下载的数据 GDCquery()可以通过多个参数检索限定需要下载的数据,各参数的...
往期TCGA相关内容: TCGA专题视频 | TCGA数据库中癌症名称缩写 | TCGAbiolinks获取癌症临床信息 | 玩转TCGA临床信息 | R基于TCGA数据画生存曲线 | 发布于 2021-02-21 20:53· 5631 次播放 赞同82 条评论 分享收藏喜欢 举报
今天和同学们分享TCGA RNA-seq转录组学据下载.代码如下. 设置环境安装加载包 ###下载TCGARNA-seq数据 ###setwd("/home/bio_bomb/")###设置路径getwd()###查看路径 BiocManager::install("export")###安装包 BiocManager::install("BioinformaticsFMRP/TCGAbiolinksGUI.data")###安装包 ###加载包library(TCGAb...
2.在跳转的页面中，点击RNA-Seq后面的数字 3. 在新打开的页面中，点击左上角的Files 4.接下来就是...
一、确定肿瘤代码 TCGA涵盖30多种癌症,9000多个病人,数据库里的癌症名称是缩写的... 基因组学研究生阅读 849评论 1赞 0 如何从TCGA数据库下载DNA甲基化数据 前面给大家介绍了新版的TCGA数据库,通过文字和视频给大家讲解了如何从TCGA数据库下载RNAseq数据,miRN... 生信交流平台阅读 1,090评论 0赞 3 下载TCGA ...
一、基于TCGA官网下载RNAseq数据 1、 TCGA数据库简介 TCGA数据库全称为The Cancer Genome Atlas,主要储存关于各类肿瘤的一个基本信息,包括RNAseq,miRNAseq,DNA甲基化,CNV,SNP等信息,它是目前为止可以获得的公开数据库里面数据相对全面的一个,在各个领域得到了广泛的应用,为肿瘤基础医学和转化医学研究者提供了海量的基...