ATAC-seq数据可在 athttps://gdc.cancer.gov/about-data/publications/ATACseq-AWG下载 4.1 理解峰值 主要有两种类型的ATAC-seq计数矩阵,原始矩阵和归一化矩阵,主要包括两组峰值: “癌症类型特异性峰值集”,包含在单个癌症类型中观察到的所有可重复峰。在至少两个样本中观察到了这些峰值,其数值为百万分。>=5>=5...
ATAC-seq建库原理如下图所示: 前期准备: #conda create -n atac python=2 创建环境 #conda activate atac 激活环境 #conda install bedtools deeptools macs2 bowtie bowtie2 samtools 分析流程: 1. 质控 采用FASTQC查看测序数据质量 #fastqc -o FASTQC/ -t 8 Control_R1.fastq.gz Control_R2.fastq.gz ...
1.数据导入与处理 面板数据可以在excel里整理好,直接粘贴到Stata 以北京上海和广州3个城市2010至2016年的商品房均价,人口和地区生成总值为例,在excel里将数据整理为下图所示形式: 在stata命令窗口输入edit则可以打开数据编辑窗口,将excel的数据连同表头直接粘贴到这个窗口,则会有如下提示: 选择变量名则可以直接将第一...
T-Reg - [ENCSR724UJS](https://www.encodeproject.org/experiments/ENCSR724UJS/“ENCSR724UJS”) FQ 文件可以在此处找到read1和此处的read2。我们还将使用对齐数据作为BAM文件,该文件可在此处找到。 5. 参考数据 对于ATACseq分析,我们需要一些参考数据。 fasta格式的参考基因组——我们将从BSGenome Bioconduc...
ATAC-seq分析:比对后处理(4) 1. 结果处理 现在我们已经处理了 Greenleaf ATACseq 双端数据,我们可以开始处理比对。 首先,我们将确定 ATACseq 数据的预期片段长度分布。我们使用 GenomicAlignments 包读取新对齐的数据。 这里我们只想要正确配对的读取,因此我们将使用 ScanBamParam() 和 scanBamFlag() 函数来控制将...
ATAC-seq (Assay for Transposase-Accessible Chromatin withhigh throughput sequencing)是由斯坦福大学William J.Greenleaf和Howard Y. Chang实验室开发的用于研究染色质开放性(可及性)的方法,原理是通过Tn5转座酶切割暴露的DNA并同时连接上特异性的adapters,然后连接上adapters的DNA片段被分离出来用于二代测序。
ATAC-seq，即通过测序来检测转座酶可及染色质，是一种新颖的全基因组染色质开放区域研究技术。相较于传统方法，ATAC-seq在操作简便、无需交联、信噪比高、对样品量要求低等方面具有显著优势。众多实验室开始将ATAC-seq与RNA-seq及表观遗传学数据结合，以实现更准确的基因差异表达与调控关系分析。ATAC-seq...
samtools view out.bam | \ awk -F'\t' 'function abs(x){return ((x < 0.0) ? -x : x)} {print $1"\t"abs($9)}' | \ sort | uniq | cut -f2 > fragment..txt (#接下来在R中进行) library(tidyverse) getwd() data <- read.table("D:/R/ATAC-seq/fragment.duroc.txt") ...
ArchR主要接受scATAC-seq原始数据的两种常见输出格式：BAM文件和fragment文件。BAM文件是二进制格式下的排序文件，记录了片段、原始数据和细胞条形码等信息。fragment文件记录了片段以及对应的细胞ID。选择何种文件取决于上游处理流程，例如10XGenomics的CellRanger软件输出的是fragment文件，而sci-ATAC-seq流程则输出...