ATAC-seq (Assays for Transposase-Accessible Chromatin using sequencing) 是一种较新的全基因组范畴染色质开放区域的一种研究手段。比较之前的研究方法,ATAC-seq具有容易操作,不需要交连,有高信噪比,以及对样品总量要求低等优点。很多实验室纷纷使用ATAC-seq 与 RNA-seq, 及ep
由于 ATAC-seq 和 ChIP-seq 数据的相似性较高,ChIP-seq 分析使用的软件一般也可用于 ATAC-seq 的分析,但是使用 ChIP-seq 软件分析得到的 ATAC-seq 结果尚未得到系统性的评估。 step1:质控 step2:比对 step3:峰的召回 step4:峰的注释 step5:差异分析 step6:基序分析、通路分析、核小体占据率分析、和其他...
在完成基因比对后,要对ATAC-seq的数据完成两个基本的统计(ATACseqQC),1是测序片段长度分布;2是数据在转录起始位点的信号强度: i. 成功的ATAC-seq实验应生成片段大小分布图,其具有递减的和周期性的峰,对应于无核小体区域(NFR)(<100 bp)和单核、双核和三核小体(〜200, 400,600碱基对)。 ii. NFR的片段...
接下来就是ATAC-seq的数据分析了。 首先拿到fq文件之后,我们首先需要对其进行过滤: fastp -i fq1 -I fq2 -o out1 -O out2 -w 16 建议大家使用fastp的默认参数,因为ATAC-seq的片段长度只有50bp左右。因此很多公司给的clean data是150bp的话是不合理的,可能会导致很多信息被漏掉(这是我掉的坑)。 拿到过滤...
ATAC-seq可以得到实验时间点全基因组染色质的开放信息，RNA-seq可以得到同一时点的基因表达信息，将两个组学数据联合分析，可以获得该时间点下影响基因表达的上游调控区域，寻找到影响基因表达的潜在转录因子。另外ATAC-seq还可以与其它组学技术联用，例如ChIP-seq，或者三个以上的技术一起组合使用。6.5 绘制染色质开放...
图1 两组学关联分析思路 1)质控分群 首先,通过scRNA-seq数据分析,我们可以识别和鉴定出不同的细胞亚群。接着,我们可以使用scRNA-seq的数据来注释scATAC-seq的细胞亚群,最后我们可以通过WNN分析将scATAC-seq和scRNA-seq数据进行整合,构建两组学整合的细胞图谱,并比较两组学的一致性。通过两组学数据的相互验证,可以帮助...
一、面板数据基本概念 二、STATA长面板数据分析步骤 1.数据导入与处理 2.描述性统计 3.单位根检验 4.协整检验 5.模型的筛选 6.模型的检验 7.模型的估计 一、面板数据基本概念 面板数据,即Panel Data,也叫“平行数据”,是指在时间序列上取多个截面,在这些截面上同时选取样本观测值所构成的样本数据。或者说他是...
接下来,作者分析了样本的ATAC-seq数据。作者首先在所有皮质和髓质样本中确定了可访问的染色质区域(ARs),然后将这些区域合并到一个主列表中,总共产生196278个ARs。在所有样本中,>75%的ARs位于TSS>5kb的位置,这与它们作为远端调控元件的作用一致,并重现了作者之前研究中的类似观察结果。在这些ARs中,有8750个(4.5%)...
ATAC-seq，即通过测序来检测转座酶可及染色质，是一种新颖的全基因组染色质开放区域研究技术。相较于传统方法，ATAC-seq在操作简便、无需交联、信噪比高、对样品量要求低等方面具有显著优势。众多实验室开始将ATAC-seq与RNA-seq及表观遗传学数据结合，以实现更准确的基因差异表达与调控关系分析。ATAC-seq...
首先，研究人员通过ATAC-seq分析了1-MCP短期或长期处理下木瓜果实染色质可及性的变化。PCA（Pearson correlation analysis）（图2A）显示对照组不同生物重复之间的相关系数为0.96，1-MCP处理2h组的相关系数为0.98和1-MCP处理16h组的相关系数为0.98，不同生物学重复之间具有高相关系数，这表明了该研究采样和数据的...