通常ATAC-seqQC是指在生信分析前期对于数据质量的控制,但是由于测序成本相对来说还是比较高昂的,在送测序前对文库进行质控可以节约测序的时间和成本,我们把ATAC文库的质控分为两个部分,测序前以及生信分析前期,来帮助研究人员们更好的把控ATAC-seq数据的质量。 一、测序前的质量控制 下面是关于测序前质控的一些经验。
通常ATAC-seqQC是指在生信分析前期对于数据质量的控制,但是由于测序成本相对来说还是比较高昂的,在送测序前对文库进行质控可以节约测序的时间和成本,我们把ATAC文库的质控分为两个部分,测序前以及生信分析前期,来帮助研究人员们更好的把控ATAC-seq数据的质量。 一、测序前的质量控制 下面是关于测序前质控的一些经验。
1. 数据质量控制：这是ATAC-Seq分析的第一步，目的是确保数据的准确性和可靠性。由于高通量测序可能产生的噪声和偏差，对数据的质量进行评估和过滤至关重要。这包括检查读长质量、去除低质量序列、比对基因组等步骤。2. 峰识别与注释：在高质量的ATAC-Seq数据中，下一步是识别染色质开放性区域，通常表...
RSC的最小值可能是0,表示无信号;富集好的实验RSC值大于1;低于1表示质量低。 phantompeakqualtools phantompeakqualtools 是一个用于计算ChIP-Seq数据富集和质量度量值的一个工具包。我们将使用该包来计算基于链交叉相关峰的主要插入大小(fragment length)和基于相对phantom peak的数据质量度量值。phantompeakqualtools是...
ATAC-seq (Assays for Transposase-Accessible Chromatin using sequencing) 是一种较新的全基因组范畴染色质开放区域的一种研究手段。比较之前的研究方法,ATAC-seq具有容易操作,不需要交连,有高信噪比,以及对样品总量要求低等优点。很多实验室纷纷使用ATAC-seq 与RNA-seq, 及epi-genomics的数据结合在一起分析,以达到...
fastqc提供了原始测序得到数据的质量分析控制。有基本的比如每一个base pair的测序质量如何。 也有进阶的比如分析library complexity。具体的文档可以看这里:https://www.bioinformatics.babraham.ac.uk/projects/fastqc/ 关于library complexity,得多说两句,一般好的ChIP-Seq或者ATAC-Seq样本的library complexity值都会高(...
FRiP是一个重要的质量控制指标，用于衡量在转录启动子区域(peak)内的测序读数比例。其计算方法基于两个数值：peak区域内的总读数（分子）与所有比对到参考基因组上的总读数（分母）。FRiP score的值越高，说明样本中在peak区域的测序数据覆盖率越好。理解FRiP的命令执行涉及到bedtools的基本操作。首先，使用...
数据来源 质量控制前后都需要可视化，肯定是fastqc+multiqc 缠绕核小体 DNA 约 147bp 与相邻核小体连接的 DNA 约 20-90bp. 加上测序接头等约 135bp 长度会达到 200bp 左右，因此最后文库片段长度可能是 200-1000bp 左右，并且主要的部分在 600bp 一下，但 ATACseq 建库片段分布可能因为样本类型...
分析流程:分为数据预处理,Peak-calling和后续分析三步。 数据预处理 数据预处理步骤分为:质量控制,原始序列比对,比对后去除重复序列和细胞器序列。当然在这之前,先得做一下准备工作,创建工作环境,从SRA下载数据并进行数据解压。 # 创建项目文件下 mkdir -p ATAC-Seq/{data/raw_data,analysis,script,ref} ...
不同实验样本和批次的ATAC-seq和CUT&Tag文库片段峰形可能存在差异。细胞数量、细胞裂解等条件的微小变化可能导致Tn5或pA-Tn5切割频率的差异，但这些变化并不影响测序数据质量的稳定性。文库外观作为定性指标，用于确定是否继续测序。文库质检结果有助于判断测序可能性，指导实验优化。使用基于qPCR的检测方法进行...