通常ATAC-seqQC是指在生信分析前期对于数据质量的控制,但是由于测序成本相对来说还是比较高昂的,在送测序前对文库进行质控可以节约测序的时间和成本,我们把ATAC文库的质控分为两个部分,测序前以及生信分析前期,来帮助研究人员们更好的把控ATAC-seq数据的质量。 一、测序前的质量控制 下面是关于测序前质控的一些经验。
在进行ATAC-seq实验时,需要考虑一些质量标准以确保实验结果的准确性和可靠性。 首先,ATAC-seq实验中的样本质量至关重要。样本的处理过程需要最大限度地保持细胞完整性,并且需要避免任何可能导致DNA损伤的步骤。此外,ATAC-seq实验中使用的细胞数量也需要在一定范围内,以确保测序结果的可靠性。 其次,ATAC-seq实验中的...
chipObj #会输出FRiP值,是一个数据质量的参考指标,表示Peak中reads数占整体reads数的情况;此外还会输出一个RelCC(即RSC)值,也是判断数据质量的指标,但这里ChIPQC输出的是根据Peak区域来的,建议同时进行全基因组窗口扫描分析得到的NSC和RSC值,参考网站: https://github.com/kundajelab/phantompeakqualtools https://...
RSC的最小值可能是0,表示无信号;富集好的实验RSC值大于1;低于1表示质量低。 phantompeakqualtools phantompeakqualtools 是一个用于计算ChIP-Seq数据富集和质量度量值的一个工具包。我们将使用该包来计算基于链交叉相关峰的主要插入大小(fragment length)和基于相对phantom peak的数据质量度量值。phantompeakqualtools是...
ATAC-seq中分析出来的fragment图样本质检有明显有差异可能存在以下原因：1.样本质量：样本的细胞活性差、...
1. DNA质量评估 在进行atac-seq实验之前,首先需要对DNA样本的质量进行评估。DNA质量的评估可以通过比色法、琼脂糖凝胶电泳或者生物分析仪等多种方法进行。确定DNA的纯度和完整性对于后续的操作至关重要。 2. 转座子插入效率 atac-seq技术的核心是通过转座子将开放的染色质区域进行标记,因此转座子的插入效率直接影响...
ChIPQC是一个Bioconductor包,输入文件包括BAM和peak文件,可以自动计算一些质量评估值,并产生质量报告。 准备数据 BAM files 首先对比对过滤后的bam数据(chr12_aln.bam)建索引,然后将bam和index文件从~/ngs_course/chipseq/results/bowtie2移动到自己的目录文件夹data/bams ...
phantompeakqualtools 是一个用于计算ChIP-Seq数据富集和质量度量值的一个工具包。我们将使用该包来计算基于链交叉相关峰的主要插入大小(fragment length)和基于相对phantom peak的数据质量度量值。phantompeakqualtools是一个R包,依赖samtools。 下载phantompeakqualtools ...
第4篇:对ATAC-Seq/ChIP-seq的质量评估(一)——phantompeakqualtools 1. 学习目标 讨论ChIP-seq数据质量评估的其他方法 用ChIPQC产生质量统计报告 鉴定低质量数据的来源概览图 Additional Quality Metrics for ChIP-seq data ENCODE评估数据质量采用多种指标,如前面已经讨论过的链相关的指标NSC和RSC。这一节将会讨论...
质量分析：通过ATAC-seqQC进行质量控制 当我们拿到bam文件后，首先需要考虑的问题是ATAC-seq质量如何。ATACseqQC原本是想重复GreenLeaf最初文献[2]中的图，后来发展成一个ATACseq质量控制软件包。它可以方便地帮助人们查看片段分布以及NFR score、footprints等。但要注意，ATACseqQC是针对Paired-End测序开...