通常ATAC-seqQC是指在生信分析前期对于数据质量的控制,但是由于测序成本相对来说还是比较高昂的,在送测序前对文库进行质控可以节约测序的时间和成本,我们把ATAC文库的质控分为两个部分,测序前以及生信分析前期,来帮助研究人员们更好的把控ATAC-seq数据的质量。 一、测序前的质量控制 下面是关于测序前质控的一些经验。
在进行ATAC-seq实验时,需要考虑一些质量标准以确保实验结果的准确性和可靠性。 首先,ATAC-seq实验中的样本质量至关重要。样本的处理过程需要最大限度地保持细胞完整性,并且需要避免任何可能导致DNA损伤的步骤。此外,ATAC-seq实验中使用的细胞数量也需要在一定范围内,以确保测序结果的可靠性。 其次,ATAC-seq实验中的...
NSC值越大表明富集效果越好,NSC值低于1.1 表明较弱的富集,小于1表示无富集。NSC值稍微低于1.05,有较低的信噪比或很少的峰,这肯能是生物学真实现象,比如有的因子在特定组织类型中只有很少的结合位点;也可能确实是数据质量差。Relative strand cross-correlation coefficient (RSC):RSC是片段长度相关值减去背景相关值除以...
1.样本质量：样本的细胞活性差、或细胞类型特异。2.实验操作：实验过程中的转座酶活性、反应时间、反应...
1. 质控 ATACseqQC 库允许我们在一个步骤中运行我们已经看到的许多 ATACseq QC 步骤。它可能会消耗...
质量分析 Quality control by ATACseqQC 当我们拿到bam文件后,首先需要考虑的问题是ATAC-seq质量如何。ATACseqQC原本是想重复GreenLeaf最初文献[2]中的图,后来发展成一个ATACseq质量控制软件包。它可以方便的帮助人们查看片段分布以及NFR score, footprints等。但是要注意到,ATACseqQC是针对Paired-End测序开发的。
ChIPQC是一个Bioconductor包,输入文件包括BAM和peak文件,可以自动计算一些质量评估值,并产生质量报告。 准备数据 BAM files 首先对比对过滤后的bam数据(chr12_aln.bam)建索引,然后将bam和index文件从~/ngs_course/chipseq/results/bowtie2移动到自己的目录文件夹data/bams ...
1. DNA质量评估 在进行atac-seq实验之前,首先需要对DNA样本的质量进行评估。DNA质量的评估可以通过比色法、琼脂糖凝胶电泳或者生物分析仪等多种方法进行。确定DNA的纯度和完整性对于后续的操作至关重要。 2. 转座子插入效率 atac-seq技术的核心是通过转座子将开放的染色质区域进行标记,因此转座子的插入效率直接影响...
ATAC-seq数据质量评估主要是看两个图,一个是插入片段分布图(Fragment Insertion Size Distribution),一个是TSS富集峰图。 插入片段分布图 ATAC-seq的插入片段分布有着非常鲜明的特点,一般把<100 bp的片段区域称NFR(Nucleosome-Free Region)也就是无核小体区,这部分区域也是转座酶最容易切割的区域,每隔10.5 bp就有...
质量分析：通过ATAC-seqQC进行质量控制 当我们拿到bam文件后，首先需要考虑的问题是ATAC-seq质量如何。ATACseqQC原本是想重复GreenLeaf最初文献[2]中的图，后来发展成一个ATACseq质量控制软件包。它可以方便地帮助人们查看片段分布以及NFR score、footprints等。但要注意，ATACseqQC是针对Paired-End测序开...