链交叉相关是一个有效的评估ChIP-Seq质量的方法,它不依赖于peak calling,而是基于ChIP-Seq实验。如果ChIP-Seq实验成功,DNA富集序列标签(蛋白质相互作用的序列)会在reads的双峰富集中产生显著的聚集。产生reads的双峰富集的原因如下:在ChIP-Seq实验中,DNA被片段化,蛋白质结合的片段会被免疫沉淀,所以产生了有蛋白质结合...
chipObj #会输出FRiP值,是一个数据质量的参考指标,表示Peak中reads数占整体reads数的情况;此外还会输出一个RelCC(即RSC)值,也是判断数据质量的指标,但这里ChIPQC输出的是根据Peak区域来的,建议同时进行全基因组窗口扫描分析得到的NSC和RSC值,参考网站: https://github.com/kundajelab/phantompeakqualtools https://...
ChIPQC是一个Bioconductor包,输入文件包括BAM和peak文件,可以自动计算一些质量评估值,并产生质量报告。 准备数据 BAM files 首先对比对过滤后的bam数据(chr12_aln.bam)建索引,然后将bam和index文件从~/ngs_course/chipseq/results/bowtie2移动到自己的目录文件夹data/bams peak files 将narrowPeak 文件从macs2目录下...
atac-seq作为一种广泛应用于基因组学研究的高通量测序技术,样本文库的质控标准对于实验结果的可信度和可重复性至关重要。通过对DNA质量、转座子插入效率、文库大小选择、实验重复性和负对照实验等方面的评估,可以确保样本文库的质量达到标准,为后续的数据分析和结果解释奠定基础。在进行atac-seq实验时,科研工作者需要充...
ChIP-Seq质量评估 在下游分析前,最好是先对peak calling 后的ChIP-Seq数据进行质量评估。 链交叉相关(Strand cross-correlation) 链交叉相关是一个有效的评估ChIP-Seq质量的方法,它不依赖于peak calling,而是基于ChIP-Seq实验。如果ChIP-Seq实验成功,DNA富集序列标签(蛋白质相互作用的序列)会在reads的双峰富集中产生...
最近有粉丝在我们《生信技能树》公众号后台吐槽说某公司,给他们测了ATAC-seq,只拿到差异peak,想要不差异的peak居然被告之是额外分析项目,要加钱。各种巧立名目的费用让他害怕,还不如直接找公司要来fastq测序数据,找我们从头开始分析。 一条龙服务,一个ATAC-seq项目的标准分析仅收费1600。同样的我把这个《ATAC-seq...
1. 数据质量控制：这是ATAC-Seq分析的第一步，目的是确保数据的准确性和可靠性。由于高通量测序可能产生的噪声和偏差，对数据的质量进行评估和过滤至关重要。这包括检查读长质量、去除低质量序列、比对基因组等步骤。2. 峰识别与注释：在高质量的ATAC-Seq数据中，下一步是识别染色质开放性区域，通常...
ATAC-seq(Assay for Transposase Accessible Chromatin with high-throughput sequencing,染色质易开放区域测序)利用Tn5转座酶切割染色质的开放区域,并加上测序引物进行高通量测序,通过生物信息分析鉴定转录因子结合位点和核小体区域位置,从而为研究基因调控、DNA 印记等提供有效的方法。
一条龙服务,一个ATAC-seq项目的标准分析仅收费1600。同样的我把这个《ATAC-seq》任务安排给了学徒,感谢学徒在这个春节假期还兢兢业业完成任务! 下面是学徒的探索 环境搭建 如果是全新服务器或者全新用户,首先需要安装conda(最适合初学者的软件管理解决方案): ...
为了评估ATAC-seq和CUT&Tag文库，建议在文库扩增后使用DNA片段分析仪，如安捷伦TapeStation系统与D1000 Screen Tap Assay或安捷伦Bioanalyzer与DNA 1000 Chip检查片段分布。电泳图显示了片段大小和峰形，推荐选择分辨率小于1000bp的检测方法。ATAC-seq文库质检 真核生物染色质的基本结构单位是核小体，由147bp的...