CUT&Tag文库质检 在CUT&Tag实验步骤中,没有细胞裂解步骤来分离细胞核。 完整的细胞首先与磁性ConcanavalinA珠结合,再将一抗与DNA上的组蛋白标记或转录因子目标结合,然后结合二抗以增加信号,并用连有adapter的pA-Tn5来靶向二抗使其切割该位置的DNA。 与ATAC-Seq不同的是,CUT&Tag文库不会有那么多的小片段,因为pA-...
(3)片段化的含有接头的产物利用i5/P5和i7/P7 ATAC-seq衔接子进行下游扩增; (4)经过质检后,对文库片段进行上机测序和分析,富含Tn5转座事件的基因组区域被指定为染色质可及性区。 图2. ATAC-seq建库主要步骤 图3. Tn5转座酶建库过程详细图解 ATAC-seq技术有什么优势? 传统研究染色质可及性的实验方法主要是有MN...
ATAC-seq中分析出来的fragment图样本质检有明显有差异可能存在以下原因：1.样本质量：样本的细胞活性差、...
1ATAC-seq结果 我们利用Agilent 2100对文库进行质检,理想情况下,质检峰图由一系列波浪式样的若干个峰信号构成。 图3 ATAC-seq文库质检图 2百迈客测序数据在TSS附近富集评估结果 我们绘制每个基因的TSS上下游3 kb区间的测序Reads的密度分布图,并将结果以热图的形式呈现如下: 图4 ATA...
CUT&Tag文库质检 CUT&Tag实验步骤中没有细胞裂解步骤，完整细胞与磁性ConcanavalinA珠结合，一抗与DNA上组蛋白标记或转录因子目标结合，二抗增强信号，连有adapter的pA-Tn5靶向二抗切割DNA。与ATAC-seq相比，CUT&Tag文库的片段通常较少，因为pA-Tn5只在抗体结合的地方进行切割。文库分析中通常观察到单核小...
第一部分是比对、过滤和重复率质检结果,包括Table2 、Figure1和Figure2。 Table 2主要给出了比对质量和重复率,因为BAM文件是过滤后的,所以这里Dup%都是0. Table 2 Total Dup%-Percentage of all mapped reads which are marked as duplicates. Pass MapQ Filter%-Percentage of all mapped reads whichpass MapQ...
2.质检 trim 下载完成后对数据进行质检 trim 构建小鼠索引。 ###conda activate rna ###fastqc nohup fastqc -t 2 -o ./ ./*.fastq.gz & ###multiqc multiqc ./*zip -o ./ ###trim for i in `ls *_1.fastq.gz` do i=${i/_1.fastq.gz/} ...
6)比对后数据的处理&质检 序列比对后,可利用Picard和SAMtools 获取BAM文件的基本指标,包括唯一比对率,duplicated read的百分比以及片段大小分布等。 在完成基因比对后,要对ATAC-seq的数据完成两个基本的统计(ATACseqQC),1是测序片段长度分布;2是数据在转录起始位点的信号强度: ...
CUT&Tag文库质检 在CUT&Tag实验步骤中,没有细胞裂解步骤来分离细胞核。 完整的细胞首先与磁性ConcanavalinA珠结合,再将一抗与DNA上的组蛋白标记或转录因子目标结合,然后结合二抗以增加信号,并用连有adapter的pA-Tn5来靶向二抗使其切割该位置的DNA。 与ATAC-Seq不同的是,CUT&Tag文库不会有那么多的小片段,因为pA-...
2.质检 trim 下载完成后对数据进行质检 trim 构建小鼠索引 ###conda activate rna ###fastqc nohup fastqc -t 2 -o ./ ./*.fastq.gz & ###multiqc multiqc ./*zip -o ./ ###trim for i in `ls *_1.fastq.gz` do i=${i/_1.fastq.gz/} ...