通常ATAC-seqQC是指在生信分析前期对于数据质量的控制,但是由于测序成本相对来说还是比较高昂的,在送测序前对文库进行质控可以节约测序的时间和成本,我们把ATAC文库的质控分为两个部分,测序前以及生信分析前期,来帮助研究人员们更好的把控ATAC-seq数据的质量。 一、测序前的质量控制 下面是关于测序前质控的一些经验。
有基本的比如每一个base pair的测序质量如何。 也有进阶的比如分析library complexity。具体的文档可以看这里:https://www.bioinformatics.babraham.ac.uk/projects/fastqc/ 关于library complexity,得多说两句,一般好的ChIP-Seq或者ATAC-Seq样本的library complexity值都会高(大于0.5)。如果值太低的话,说明PCR amplificat...
所述第二步中多细胞水平的质量控制方法:来自多个scatac-seq数据样本组合的scatac-seq数据集被认为是一个多细胞的atac-seq数据。对于该层面的质量控制主要包括以下几个步骤,首先罗列出测序片段的比对结果总结,例如序列的回帖率;其次使用macs对“多细胞”的atac数据进行检测“combinedpeaks”,其输出结果(peakmatrix)用于进...
生信学霸揭秘生信分析的全流程!1. 下载数据选择数据源:常用的数据库有GEO、TCGA、ENSEMBL等。确定数据类型:根据研究需求选择适合的RNA-seq、ChIP-seq、ATAC-seq等数据类型。数据下载工具:使用SRA To - 科研生信SCI于20240722发布在抖音,已经收获了1361个喜欢,来抖
一、测序前的质量控制 下面是关于测序前质控的一些经验。ATAC-seq文库的QC步骤主要包括检测文库的片段分布和浓度。其中最重要的指标是文库的分布情况,但是值得注意的是,ATAC文库分布情况受多种因素干扰,它只应被视为一个是否值得继续进行测序的指标。 1.1.文库的浓度 ...