ATAC-seq 技术的优势 所需细胞量较低,而且信噪比高、特异性强、耗时短 满足动物、植物、人等样本的要求,具有很好的物种适应性 单细胞测序技术是近几年研究的热点,通过对单个细胞的测序能够将表观遗传学研究个体化。常见的 ChIP-seq、DNase-seq、MNase-seq 等技术无法进行单细胞测序,而 ATAC-seq 经过实验验证,表...
ATAC-seq 技术的优势 所需细胞量较低,而且信噪比高、特异性强、耗时短 满足动物、植物、人等样本的要求,具有很好的物种适应性 单细胞测序技术是近几年研究的热点,通过对单个细胞的测序能够将表观遗传学研究个体化。常见的 ChIP-seq、DNase-seq、MNase-seq 等技术无法进行单细胞测序,而 ATAC-seq 经过实验验证,表...
ATAC-seq是一种结合了转座酶和高通量测序的技术。其基本原理是利用转座酶对染色质进行切割,识别并切割开放染色质区域的DNA,然后对这些切割后的DNA片段进行建库和测序。通过对测序数据进行生物信息学分析,研究人员可以识别基因组中染色质开放的区域,进而推断出转录因子结合位点和调控元件。 ATAC-seq技术的应用范围广泛,它...
DNase-seq和ATAC-seq技术都能够识别这一信息,在它的峰中会出现一个轻微的凹槽——也就是足迹(Footprint)。但由于ATAC-seq技术的限制(当转录因子结合DNA时,会阻止Tn5酶转座酶在该点上的切割,所以会形成一个保护区域,reads无法富集到中间的部分),凹槽的辨识度不高,难以用来做足迹分析,也就是TF与染色质的结合研究...
科学家们为了克服当前方法的局限性,就开发出了新的技术对表观遗传的整体面貌进行分析。ATAC-Seq就是在这种情况下诞生的! ATAC-seq是“Assay for Transposase-Accessible Chromatin with high-throughput Sequencing”的缩写,最早是由斯坦福大学的Howard Chang和William Greenleaf实验室的首席研究员Jason Buenrostro于2013年在...
ATAC-seq,全称Assay for Transposase-Accessible Chromatin with high throughout sequencing,即转座酶可接近染色质测序,是一种创新的表观遗传学研究技术。ATAC-seq的核心技术酶--转座酶Tn5可以把DNA序列进行随机打断,将测序接头直接插入到开放...
然后根据目标转录因子设计抗体去做ChIP实验拉到与其结合的DNA,验证感兴趣的转录因子是否与DNA存在相互作用;而ATAC-Seq技术没有落脚到具体哪个转录因子,也就是不涉及某个具体的表观遗传机制,是在全基因组范围内检测染色质的开放程度,可以得到全基因组范围内的蛋白质可能结合的位点信息,用这个技术方法与其他方法结合是想...
ATAC-seq技术使用Tn5转座酶来切割那些没有结合蛋白保护的DNA区域,用于分析染色质的开放性和测定染色质结构的动态变化。ATAC-seq和ChIP-seq具有高度的一致性和互补性。联合ATAC-seq和ChIP-seq可以探索蛋白调控基因表达的机制,为识别转录起始调控因子引起的转录差异提供了可能。ATAC-seq和ChIP-seq可以联合决定特异RNA表达水...
ATAC-seq全称Assay for Transposase Accessible Chromatin with high-throughput sequencing,即利用转座酶研究染色质可进入性的高通量测序技术。 要理解这项技术的作用,首先需要认识染色体的结构。 真核生物的核DNA并不是裸露的,而是有蛋白质即组蛋白与之相结合的。DNA一圈一圈地缠绕在组蛋白上,形成串珠式的结构。每一...
然后根据目标转录因子设计抗体去做ChIP实验拉到与其结合的DNA,验证感兴趣的转录因子是否与DNA存在相互作用;而ATAC-Seq技术没有落脚到具体哪个转录因子,也就是不涉及某个具体的表观遗传机制,是在全基因组范围内检测染色质的开放程度,可以得到全基因组范围内的蛋白质可能结合的位点信息,用这个技术方法与其他方法结合是想...