ATAC-seq 技术的优势 所需细胞量较低,而且信噪比高、特异性强、耗时短 满足动物、植物、人等样本的要求,具有很好的物种适应性 单细胞测序技术是近几年研究的热点,通过对单个细胞的测序能够将表观遗传学研究个体化。常见的 ChIP-seq、DNase-seq、MNase-seq 等技术无法进行单细胞测序,而 ATAC-seq 经过实验验证,表...
ATAC-seq 技术的优势 所需细胞量较低,而且信噪比高、特异性强、耗时短 满足动物、植物、人等样本的要求,具有很好的物种适应性 单细胞测序技术是近几年研究的热点,通过对单个细胞的测序能够将表观遗传学研究个体化。常见的 ChIP-seq、DNase-seq、MNase-seq 等技术无法进行单细胞测序,而 ATAC-seq 经过实验验证,表...
DNase-seq和ATAC-seq技术都能够识别这一信息,在它的峰中会出现一个轻微的凹槽——也就是足迹(Footprint)。但由于ATAC-seq技术的限制(当转录因子结合DNA时,会阻止Tn5酶转座酶在该点上的切割,所以会形成一个保护区域,reads无法富集到中间的部分),凹槽的辨识度不高,难以用来做足迹分析,也就是TF与染色质的结合研究...
利用ATAC-seq方法,结合癌症基因组图谱研究的现有数据,研究人员在410例囊括23种癌症类型的冷冻样本中,定位了562,709个可重复、转座酶可接近的染色质可及性位点。泛癌分析发现的染色质可及性峰值中,约有三分之二与过去发现的调控元件信息一致,表明ATAC-seq技术能够很好的重现过去的研究发现,同时还能发现大量新的染色质...
ATAC-seq,全称Assay for Transposase-Accessible Chromatin with high throughout sequencing,即转座酶可接近染色质测序,是一种创新的表观遗传学研究技术。ATAC-seq的核心技术酶--转座酶Tn5可以把DNA序列进行随机打断,将测序接头直接插入到开放...
ATAC-seq技术原理示意图 酶切片段长度分布 由于Tn5 转座酶优先攻击染色质开放区,酶切片段的长度分布可以反映ATAC-seq实验中Tn5酶用量是否合适。单个核小体是由146bp的DNA缠绕在组蛋白上构成的,适量的Tn5酶只会切割裸露的DNA,而不会切割被核小体保护的DNA,因此正常实验,酶切片段长度分布图中会出现2~3个峰,ATAC-...
ATAC-seq全称Assay for Transposase Accessible Chromatin with high-throughput sequencing,即利用转座酶研究染色质可进入性的高通量测序技术。 要理解这项技术的作用,首先需要认识染色体的结构。 真核生物的核DNA并不是裸露的,而是有蛋白质即组蛋白与之相结合的。DNA一圈一圈地缠绕在组蛋白上,形成...
单细胞ATAC-seq技术,顾名思义就是在单细胞水平上的ATAC-seq技术,它兼具单细胞技术的高分辨率及ATAC-seq的优势,是目前研究基因表观组学的热门技术。ATAC-seq的全称是Assay for transposase-accessible chromatin with high-throughput sequencing,是基于高通量测序对开放性染色质(open chromatin)进行研究的技术。
ATAC-seq(Assay for Transposase-Accessible Chromatin with high throughput sequencing)使用高通量测序对Tn5转座酶易接近性核染色质区域进行测序分析,是一种表观遗传学研究技术。通过ATAC-seq测序可以得到全基因组范围内的染色质可及性图谱,获得所有活跃的调控序列,如潜在的活跃转录因子及靶基因。
ATAC-seq全称Assay for Transposase Accessible Chromatin with high-throughput sequencing,即利用转座酶研究染色质可进入性的高通量测序技术。 要理解这项技术的作用,首先需要认识染色体的结构。 真核生物的核DNA并不是裸露的,而是有蛋白质即组蛋白与之相结合的。DNA一圈一圈地缠绕在组蛋白上,形成串珠式的结构。每一...