也就是说,ATAC-seq中的peak,往往是启动子、增强子序列,以及一些反式调控因子结合的位点。 相比起来,ATAC-seq的重复性,比MNase-seq和DNase-seq的更强,操作起来也更加简单,而且只需要很少的细胞/组织量,同时出来的信号更加漂亮。目前已经是研究染色质开放性首选的技术方法。 ATAC反应原理图 ATAC-seq技术...
ATAC-seq技术通常需要额外的步骤来去除线粒体DNA的污染,这可以通过实验和分析来完成;一些高通量测序技术不可避免地会产生错误或偏差,包括ATAC-seq。研究发现Tn5转座酶优先靶向核小体DNA的出入位点,这可能会导致有偏差的测序结果。不过,这种转座酶偏差可以通过开发计算工具或改进的统计模型来纠正。 单细胞ATAC-seq 类似...
ATAC-seq 技术用到了一个转座酶 Tn5:DNA 转座是一种由 DNA 转座酶介导,把 DNA 序列从染色体的一个区域插入到另外一个区域的现象,类似于“剪切粘贴”。这个过程,也是需要插入位点的染色质是开放的,否则就会被一大坨高级结构给卡住。 转座酶可以随机结合并切割染色质开放区的 DNA,并且可同时在切割位点插入接头序列。
序列比对后,可利用Picard和SAMtools 获取BAM文件的基本指标,包括唯一比对率,duplicated read的百分比以及片段大小分布等。 在完成基因比对后,要对ATAC-seq的数据完成两个基本的统计(ATACseqQC),1是测序片段长度分布;2是数据在转录起始位点的信号强度: i. 成功的ATAC-seq实验应生成片段大小分布图,其具有递减的和周期...
一.完整的Scasat工作流程 下图描述了完整的Scasat工作流程。首先是修整低质量碱基的预处理步骤,将读数与相应的基因组对齐并调用峰。然后通过合并每个单个单元的所有映射的BAM文件并在该合并文件中调用峰值来生成峰值可访问性矩阵。下游分析由对单细胞ATAC-seq数据进行统计分析的必要步骤组成。在Scasat中,数据被转换为二...
ATAC-seq技术利用转座酶Tn5容易结合在开放染色质的特性,在切割获取DNA的同时加入接头,经过PCR扩增后即可进行高通量测序,获得全基因组范围内开放染色质的序列信息(图1)。 图1 转座酶Tn5作用示意图 单细胞ATAC-seq测序则是在此基础上与单细胞技术联合起来,例如联合单细胞组合标记测序技术(single-cell combinatorial index...
该技术被广泛应用于癌症、衰老、免疫学和细胞分化等领域的研究，通过检测基因组中可及染色质区域的变化，提供对表观遗传学过程的深入理解。ATAC-Seq实验流程分为两步：首先裂解细胞以产生纯核，然后使用Tn5转座酶标记NGS接头，将接头整合到开放的染色质区域。此过程可生成适用于高通量测序分析的文库。在...
ATAC-seq信息分析流程主要分为以下几个部分:数据质控、序列比对、峰检测、motif分析、峰注释、富集分析,下面将对各部分内容进行展开讲解。 一、测序数据过滤与质量评估 下机数据经过过滤去除接头含量过高或低质量的reads,得到clean reads用于后续分析。常见的trim软件有Trimmomatic、Skewer、fastp等。fastp是一款比较新的软...
ATACseq 分析流程如下图所示。质控、比对、peak calling 是必须的上游分析,Motif 等下游分析是个性化的。 流程示意图 准备工作 下载参考基因组、建立索引、移除不需要区域等。参考基因组在 GENCODE 下载。 一般用 bowtie2 比对,建立 bowtie2 索引。 bowtie2-build -f GRCh38.primary_assembly.genome.fa GRCh38...