单细胞ATAC-seq技术是在单细胞水平上研究染色质可及性的新技术。与传统的ATAC-seq技术相比,单细胞ATAC-seq能够提供更高分辨率的基因调控信息,揭示细胞异质性对基因表达的影响。未来,随着单细胞ATAC-seq技术的进一步发展和优化,我们将能够更深入地了解不同细胞类型在生物体中的作用和相互作用。 3. ATAC-seq与其他组学...
癌症研究中胰腺癌、肝癌和膀胱癌,采用了ATAC-seq和RNA-seq与ChIP-seq等测序技术发现了新的调控机制,并指出表观遗传学调控可能是一个很有前途的抗癌靶点。 最近一个白血病的研究揭示了Ikaros蛋白的作用。该研究使用了ChIP-seq、RNA-seq、ATAC-seq以及其他功能实验,Ikaros调控其目标基因全局表观景观和启动子区域的表观...
目前研究染色质可及性的方法主要有以下四种:MNase-seq、DNase-seq、FAIRE-seq和ATAC-seq,其中MNase-seq是通过对核小体保护的DNA测序,从而间接反映染色质可及性的方法,其他三种均为对检测染色质上的开放区域,直接反应染色质的可及性[1]。...
2.单细胞ATAC-seq技术的发展 单细胞ATAC-seq技术是在单细胞水平上研究染色质可及性的新技术。与传统的ATAC-seq技术相比,单细胞ATAC-seq能够提供更高分辨率的基因调控信息,揭示细胞异质性对基因表达的影响。未来,随着单细胞ATAC-seq技术的进一步发展和优化,我们将能够更深入地了解不同细胞类型在生物体中的作用和相互...
ATAC-seq技术及相关技术的发展 Reveling in the Revealed这篇文章中,对DNase-seq和ATAC-seq还有MNase-seq相关技术原理以及优缺点进行了总结。具体如下: 首先,向我们了解到的,CHIP-seq即染色质免疫共沉淀质谱技术,它主要通过对已知的蛋白,通常是目的转录因子TF免疫沉淀,抓取与该TF结合的DNA片段,然后再进一步的扩增,...
总结来看，ATAC-seq技术的发展与应用呈现出多维度、多领域的趋势，其与ChIP-seq、RNA-seq等技术的联合应用进一步推动了生物学研究的深入发展。未来，多组学分析与单细胞测序技术将成为研究主流，为揭示复杂生物系统提供了更多可能性。同时，爱基百客作为表观组学领域拥有丰富项目经验的公司，提供包括ATAC-seq...
ATAC-seq的发展 高通量测序(ATAC-seq)技术用于转座酶开放的染色质测定成功实现了开放染色质区域,核小体定位和调控基序的同时鉴定,同时将所需样品减少到500〜5000个细胞。利用基序推论,科学家成功地推论了B细胞系中DNA结合蛋白的结合位点。同样,ATAC-seq具有相对简单和有效的“两步”文库制备程序:转座和PCR(图1b)...
ATAC-seq研究的主要课题之一是染色质结构和可及性的鉴定。表观遗传变化与癌症等疾病的发生发展密切相关。统计了使用ATAC-seq和/或其他测序技术的癌症和其他疾病的研究,发现共有204个研究,涉及36种癌症和57种疾病。作者统计了每年癌症研究和其他疾病的数量(使用ATAC-seq和/或其他测序技术),近年来呈指数增长(图1C)。
6. 单细胞 ATAC-seq技术 6.1 单细胞 ATAC-seq技术的发展 以往科学家们的大部分研究是在群体细胞中探寻染色质开放的平均特征,2015年4月,Science发表了Multiplex single-cell profiling of chromatin accessibility by combinatorial cellular indexing [13]的文章。同年7月,Nature发表了Single-cell chromatin accessibility...
ATAC-Seq是一种高效表观遗传学研究工具，依赖于高活性转座酶Tn5和下一代测序（NGS）技术构建文库。其主要优势在于使用较少细胞（约50,000个）在较短时间内完成实验，且可同时评估开放染色质、核小体定位与转录因子占用。与其他技术相比，它在所需样品数量方面有显著改进，且具备生成高分辨率图谱的能力。...