ATAC-seq研究的主要课题之一是染色质结构和可及性的鉴定。表观遗传变化与癌症等疾病的发生发展密切相关。统计了使用ATAC-seq和/或其他测序技术的癌症和其他疾病的研究,发现共有204个研究,涉及36种癌症和57种疾病。作者统计了每年癌症研究和其他疾病的数量(使用ATAC-seq和/或其他测序技术),近年来呈指数增长(图1C)。
ATAC-Seq技术本身也会随着其它技术的不断发展而得到新的应用,比如将单细胞测序技术与其相结合的scATAC-Seq,是ATAC-Seq现阶段一个新的进展。 使用ATAC-Seq技术我们可以解决多种问题,如重大疾病发病机制研究;寻找疾病的染色质开放区域差异;研究转录因子结合调控的差异;识别发育过程中的新型增强子;进行核小体定位等。 另...
目前研究染色质可及性的方法主要有以下四种:MNase-seq、DNase-seq、FAIRE-seq和ATAC-seq,其中MNase-seq是通过对核小体保护的DNA测序,从而间接反映染色质可及性的方法,其他三种均为对检测染色质上的开放区域,直接反应染色质的可及性[1]。...
MNase-Seq技术是在应用FAIRE-seq时有理有据的迭代更新【4】。ATAC-seq技术的发展得益于Tn5转座酶的研究,Tn5转座酶的应用,大大简化了开放染色质研究的时间,从最初2-3天的实验周期,缩短到2-3小时【5】。图1.来源:Lee B. H. et al. 2021从上面的介绍,我们看到,Tn5酶的出现,确实是改变了表观技术研究...
2017年,中国科学技术大学瞿昆教授等利用ATAC-seq技术,首次揭示了T细胞淋巴瘤(CTCL)的表观遗传调控机制。作者分析了111个人皮肤T细胞淋巴瘤患者和对照样本,揭示了大量的可以用于区别白血病,宿主和正常 CD4+ T细胞的染色质标签[12]。6. 单细胞 ATAC-seq技术6.1 单细胞 ATAC-seq技术的发展以往科学家们的大部分研究是在...
ATAC-seq 技术用到了一个转座酶 Tn5:DNA 转座是一种由 DNA 转座酶介导,把 DNA 序列从染色体的一个区域插入到另外一个区域的现象,类似于“剪切粘贴”。这个过程,也是需要插入位点的染色质是开放的,否则就会被一大坨高级结构给卡住。 转座酶可以随机结合并切割染色质开放区的 DNA,并且可同时在切割位点插入接头序列...
首先,我们先简单聊一下ATAC-Seq的技术原理:ATAC-seq(Assay for Transposase Accessible Chromatin with high-throughput sequencing)是一种利用转座酶研究染色质可接近性的高通量测序技术。 我们都知道,真核生物的DNA并不是裸露的,而是由组蛋白与之结合。DNA缠绕在组蛋白上,形成串珠式结...
ATAC-seq,全名Assay for Transposase Accessible Chromatin using sequencing,即运用高通量测序手段研究转座酶可接近的染色质的实验。关键词:高通量测序,转座酶可接近染色质。所谓转座酶能接近的区域,既处于开放状态的区域,这也是本实验的关键所在。 ATAC-seq 技术最早于 2013 年由斯坦福大学William Greenleaf和Howard Chan...
随着单细胞ATAC-seq技术的不断发展和完善,这一类研究策略将为科学家们提供前所未有的洞察肿瘤异质性和...
ATAC-seq 技术用到了一个转座酶 Tn5:DNA 转座是一种由 DNA 转座酶介导,把 DNA 序列从染色体的一个区域插入到另外一个区域的现象,类似于“剪切粘贴”。这个过程,也是需要插入位点的染色质是开放的,否则就会被一大坨高级结构给卡住。 转座酶可以随机结合并切割染色质开放区的 DNA,并且可同时在切割位点插入接头序列...