A. ATAC-seq、ChIP-seq和RNA-seq的原理。B. ATAC-seq数据分析的通用流程。 ATAC-seq技术通常需要额外的步骤来去除线粒体DNA的污染,这可以通过实验和分析来完成;一些高通量测序技术不可避免地会产生错误或偏差,包括ATAC-seq。研究发现Tn5转座酶优先靶向核小体DNA的出入位点,这可能会导致有偏差的测序结果。不过,这...
ChIP-seq:由于转录因子的结合区域在染色质开放区,因此ATAC-seq的peak和ChIP-seq的peak之间存在部分重叠,因此这两个组学联用可以相互验证,而转录因子在ChIP-seq中独有的Peak则暗示这个转录因子可能是结合在异染色质区域的驱动型转录因子(Pioneer TFs)。对于组蛋白修饰的ChIP-seq而言,前面也说过组蛋白乙酰化与染色质开...
MNase-seq: 和DNase-seq技术互补,主要是利用外切酶将含有核小体包裹的区域切割下来并测序,反向比较获得开放染色质区域。弊端和DNase-seq也类似。 FAIRE-seq: 利用甲醛将染色质中裸露的DNA进行固定,超声波打断染色质,再通过酚氯仿抽提来分离打断的DNA。步骤复杂,样品制备周期长。 ATAC-seq: 利用Tn5转座酶,切割DNA的...
近几年来,单细胞测序技术一直是讨论热度极其高的话题,除了单细胞转录组,单细胞ATAC也逐渐引起科研人员的兴趣,使得在单细胞层面研究表观调控成为可能,它可以帮助我们在单细胞水平上分析染色质开放性特征,并深入了解基因调控机制,并且自2018年10X发布scATAC-seq后,相关发文数量直线上升,可见热度很高。 图1 自2018年以来...
ATAC-seq与ChIP-seq | ATAC-seq,英文全称Assay for Targeting Accessible-Chromatin with high-throughout sequencing。用于研究染色质可及性/开放性的方法。 ChIP-Seq原理是:首先通过染色质免疫共沉淀技术(ChIP)特异性地富集目的蛋白结合的DNA片段,并对其进行纯化与文库构建;然后对富集得到的DNA片段进行高通量测序。
ATAC-seq技术原理 随着对基因调控机制认识的深入,人们发现表观遗传学的变化起着重要的作用。这些变化有DNA碱基修饰和染色质结构变化。目前可以使用广泛的测序技术来测量表观遗传学中染色质结构从低水平到高水平的变化。比如,检测DNA甲基化的重亚硫酸盐测序法、检测3D基因组的Hi-C、DNase-seq、MNase-seq、FAIRE-seq和...
近几年来,单细胞测序技术一直是讨论热度极其高的话题,除了单细胞转录组,单细胞ATAC也逐渐引起科研人员的兴趣,使得在单细胞层面研究表观调控成为可能,它可以帮助我们在单细胞水平上分析染色质开放性特征,并深入了解基因调控机制,并且自2018年10X发布scATAC-seq后,相关发文数量直线上升,可见热度很高。